seq1 = pF1KB7123.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KB7123/gi568815596f_119580854.tfa (gi568815596f:119580854_119781786), 200933 bp

>pF1KB7123 933
>gi568815596f:119580854_119781786 (Chr2)

1-933  (100001-100933)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGTCCCCTGTGGCGGACCGCAGCATTTGTGCAGAGACACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGTCCCCTGTGGCGGACCGCAGCATTTGTGCAGAGACACAGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCCTCTTGGTGGGTTCCTGTGCAGGCCTGTTTGGAGTTCCAGTCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100051 AGGCCTCTTGGTGGGTTCCTGTGCAGGCCTGTTTGGAGTTCCAATCTCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCACCTCTTCCCGGATCCCGTGGTCCAATGGCTCTACCAGTACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCACCTCTTCCCGGATCCCGTGGTCCAATGGCTCTACCAGTACTGGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGGCCAGCCAGCTCCGCTCCCTCCACAGCTGCAGAGCCTCTTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGGCCAGCCAGCTCCGCTCCCTCCACAGCTGCAGAGCCTCTTCCAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGCTACAGGACATAGGTGTTCCTTCAGGCCATTGCTACAAGCCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGCTACAGGACATAGGTGTTCCTTCAGGCCATTGCTACAAGCCCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCTTCACCTTCCAGCCTGTGAGTGCAGGCTTCCCAAGACTCCCTGCT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACCTTCACCTTCCAACCTGTGAGTGCAGGCTTCCCAAGACTCCCTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGGCTGTGGTGGGCATCCCTGCCAGTTTCTTGGGAGACCTAGTGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGGCTGTGGTGGGCATCCCTGCCAGTTTCTTGGGAGACCTAGTGATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACTAACCATCCCGTGGTCATACATGGGCATACAGTGGACTGGCGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACTAACCATCCCGTGGTCATACATGGGCATACAGTGGACTGGCGGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCAGGCGCCCGGCTGAGAGCTTCCCTGACCTTGTCCCGTGAAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGCAGGCGCCCGGCTGAGAGCTTCCCTGACCTTGTCCCGTGAAGCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGTTCGCCTTGGCCAGGGAAGTGGTGTACCTGGAAAGCAGTACCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGTTCGCCTTGGCCAGGGAAGTGGTGTACCTGGAAAGCAGTACCACTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGTGCACGCCCTGCTGGCCCCAGCTTGCCTGGCAGGGACCTGGGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGTGCACGCCCTGCTGGCCCCAGCTTGCCTGGCAGGGACCTGGGCACTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGTGGGTGCCAAGTACACCCTGGGGCTCCATGCAGGCCCCATGAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGTGGGTGCCAAGTACACCCTGGGGCTCCATGCAGGCCCCATGAATTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGGGCTGCCTTCAGCTTGGTGGCAGCAGTGGCAGGCTTTGTGGCCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGGGCTGCCTTCAGCTTGGTGGCAGCAGTGGCAGGCTTTGTGGCCTACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCTCCCAGGATTCTCTCACTCATGCCGTGGAGTCCTGGCTGGACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTCTCCCAGGATTCTCTCACTCATGCCGTGGAGTCCTGGCTGGACCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCACGGCCTCCCTCTCTGCAGCCTATGCCTGTGGTGGAGTGGAGTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCACGGCCTCCCTCTCTGCAGCCTATGCCTGTGGTGGAGTGGAGTTCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGAAGCTTCTGTCGGGCAACCTGGCCCTGCGCAGTCTCTTGGGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAGAAGCTTCTGTCGGGCAACCTGGCCCTGCGCAGTCTCTTGGGCAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGGGGAGAAGCTGTATACACCCAGCGGGAACATCGTCCCCAGACACTTGT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGGGGAGAAGCTGTATACACCCAGCGGGAACATCGTCCCCAGACACTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCGAATCAAACATTTACCCTACACCACCCGCCGGGACTCTGTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCGAATCAAACATTTACCCTACACCACCCGCCGGGACTCTGTGCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :
    901 ATGTGGAGGGGGATGCTCAATCCGGGCCGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATGTGGAGGGGGATGCTCAATCCGGGCCGCTCC