seq1 = pF1KB7116.tfa, 840 bp
seq2 = pF1KB7116/gi568815597f_20090562.tfa (gi568815597f:20090562_20291401), 200840 bp

>pF1KB7116 840
>gi568815597f:20090562_20291401 (Chr1)

1-840  (100001-100840)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACAGAAGCCCCTGTGAATATAGCACCACCTGAGTGTAGCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACAGAAGCCCCTGTGAATATAGCACCACCTGAGTGTAGCACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCAGCACAGCAGTTGACAGCCTCATTTGGCAGCCAAACTCACTAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCAGCACAGCAGTTGACAGCCTCATTTGGCAGCCAAACTCACTAAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCACATGATAAGGCCCAAGTCCGCCAAGGGACGGACAAGACCGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCACATGATAAGGCCCAAGTCCGCCAAGGGACGGACAAGACCGAGTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAAATCCCAGGGCGTGGAGGTGTGCGCTCATCATATACCATCTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGAAATCCCAGGGCGTGGAGGTGTGCGCTCATCATATACCATCTCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCAGCCATTCCCTATGAGTTGCCAAGCAGCCAAAAACCAGGAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCAGCCATTCCCTATGAGTTGCCAAGCAGCCAAAAACCAGGAGCCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACCCAAATCTCCAAACCAGGGAGCTTCTGATGAGATCCCTGAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACCCAAATCTCCAAACCAGGGAGCTTCTGATGAGATCCCTGAGCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCAAGTACCCACTGGGGCTTCCTCTTCTCTCAATAAGTATCCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCAAGTACCCACTGGGGCTTCCTCTTCTCTCAATAAGTATCCAGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCTTCCATCAACAGAAAGAACCTGGAGGAGGAGGCTGTGGAAACCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCTTCCATCAACAGAAAGAACCTGGAGGAGGAGGCTGTGGAAACCGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAAAAAGGCCAGCTCACTGCAACTGAGCAGTATCCGGGCTCTTTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAAAAAGGCCAGCTCACTGCAACTGAGCAGTATCCGGGCTCTTTACCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACGAGACGGGCACCATGAAGACAAGTGAAGAAGATTCCAGAGCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACGAGACGGGCACCATGAAGACAAGTGAAGAAGATTCCAGAGCTCGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTGTGCCGTGGAGAGGAAATTCATCGTCCGAACCAAGAAACAGGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTGTGCCGTGGAGAGGAAATTCATCGTCCGAACCAAGAAACAGGGCTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAGGGCTGGAAATCTGGAGGAACCATCGGACCAAGAACCAAGGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAGGGCTGGAAATCTGGAGGAACCATCGGACCAAGAACCAAGGTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTGCTGTTAGATCACCAACAGGCCAAAGGTTTGTACGCCATTTCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTGCTGTTAGATCACCAACAGGCCAAAGGTTTGTACGCCATTTCCGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AACAGATGATTTGCAAACCATTGTTGCTGTGGCCGAACAGAAGAACAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100651 AACAGATGATTTGCAAACCATTGTTGCTGTGGCCGAACAGAAAAACAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTCCTACCGACACTGCAGCATTGAAACAATGGAGGTGCCCAGGAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTCCTACCGACACTGCAGCATTGAAACAATGGAGGTGCCCAGGAGGCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTCTGACCTCACCAAATCTCTGCAAGAGTGCAGAATCCCCCACAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTCTGACCTCACCAAATCTCTGCAAGAGTGCAGAATCCCCCACAAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTGCTGGGCATCTCACTGGAAGATGGGGAAGGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTGCTGGGCATCTCACTGGAAGATGGGGAAGGGTGGCCC