seq1 = pF1KB7114.tfa, 819 bp
seq2 = pF1KB7114/gi568815597f_34657331.tfa (gi568815597f:34657331_34858149), 200819 bp

>pF1KB7114 819
>gi568815597f:34657331_34858149 (Chr1)

1-819  (100001-100819)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTGGAGTATCTTTGAGGGACTCCTGAGTGGGGTCAACAAGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTGGAGTATCTTTGAGGGACTCCTGAGTGGGGTCAACAAGTACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACAGCCTTTGGGCGCATCTGGCTGTCTCTGGTCTTCATCTTCCGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACAGCCTTTGGGCGCATCTGGCTGTCTCTGGTCTTCATCTTCCGCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGTACCTGGTGACGGCCGAGCGTGTGTGGAGTGATGACCACAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGTACCTGGTGACGGCCGAGCGTGTGTGGAGTGATGACCACAAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGACTGCAATACTCGCCAGCCCGGCTGCTCCAACGTCTGCTTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCGACTGCAATACTCGCCAGCCCGGCTGCTCCAACGTCTGCTTTGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCTTCCCTGTGTCCCATGTGCGCCTCTGGGCCCTGCAGCTTATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTCTTCCCTGTGTCCCATGTGCGCCTCTGGGCCCTGCAGCTTATCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGACATGCCCCTCACTGCTCGTGGTCATGCACGTGGCCTACCGGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGACATGCCCCTCACTGCTCGTGGTCATGCACGTGGCCTACCGGGAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGAGAAGAGGCACCGAGAAGCCCATGGGGAGAACAGTGGGCGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGAGAAGAGGCACCGAGAAGCCCATGGGGAGAACAGTGGGCGCCTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGAACCCCGGCAAGAAGCGGGGTGGGCTCTGGTGGACATATGTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGAACCCCGGCAAGAAGCGGGGTGGGCTCTGGTGGACATATGTCTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCTAGTGTTCAAGGCGAGCGTGGACATCGCCTTTCTCTATGTGTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCTAGTGTTCAAGGCGAGCGTGGACATCGCCTTTCTCTATGTGTTCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCATTCTACCCCAAATATATCCTCCCTCCTGTGGTCAAGTGCCACGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCATTCTACCCCAAATATATCCTCCCTCCTGTGGTCAAGTGCCACGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCATGTCCCAATATAGTGGACTGCTTCATCTCCAAGCCCTCAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCATGTCCCAATATAGTGGACTGCTTCATCTCCAAGCCCTCAGAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACATTTTCACCCTCTTCATGGTGGCCACAGCTGCCATCTGCATCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACATTTTCACCCTCTTCATGGTGGCCACAGCTGCCATCTGCATCCTGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACCTCGTGGAGCTCATCTACCTGGTGAGCAAGAGATGCCACGAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACCTCGTGGAGCTCATCTACCTGGTGAGCAAGAGATGCCACGAGTGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCAGCAAGGAAAGCTCAAGCCATGTGCACAGGTCATCACCCCCACGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCAGCAAGGAAAGCTCAAGCCATGTGCACAGGTCATCACCCCCACGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCACCTCTTCCTGCAAACAAGACGACCTCCTTTCGGGTGACCTCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCACCTCTTCCTGCAAACAAGACGACCTCCTTTCGGGTGACCTCATCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGGGCTCAGACAGTCATCCTCCTCTCTTACCAGACCGCCCCCGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGGGCTCAGACAGTCATCCTCCTCTCTTACCAGACCGCCCCCGAGACCA

    800     .    :    .
    801 TGTGAAGAAAACCATCTTG
        |||||||||||||||||||
 100801 TGTGAAGAAAACCATCTTG