seq1 = pF1KB7103.tfa, 657 bp
seq2 = pF1KB7103/gi568815597f_43172723.tfa (gi568815597f:43172723_43373379), 200657 bp

>pF1KB7103 657
>gi568815597f:43172723_43373379 (Chr1)

1-657  (100001-100657)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAACAGGAGGCTCAAGCCCCAGGGGGCCGGGGGCTGCCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGAACAGGAGGCTCAAGCCCCAGGGGGCCGGGGGCTGCCCCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGCTGGCAGAGCAGGTGGAGCTGTGGTGGTCCCAGCAGCCGCGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGCTGGCAGAGCAGGTGGAGCTGTGGTGGTCCCAGCAGCCGCGGCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGCTCTGCTTCGTCGTGGCCGTGGGCCTCGTGGCAGGCTGTGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGCTCTGCTTCGTCGTGGCCGTGGGCCTCGTGGCAGGCTGTGGCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGGCGTGGCACTGCTGTCAACCACCAGCAGCCGCTCAGGTGAATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGGCGTGGCACTGCTGTCAACCACCAGCAGCCGCTCAGGTGAATGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTAGCAACGGGCACTGTGCTCTGTTTGCTGGCTCTGCTGGTTCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTAGCAACGGGCACTGTGCTCTGTTTGCTGGCTCTGCTGGTTCTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AACAGCTGATGAGCTCGGCTGTGCAGGACATGAACTGCATCCGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AACAGCTGATGAGCTCGGCTGTGCAGGACATGAACTGCATCCGCCAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCATGTGGCCCTGCTGCGCAGTGGTGGAGGGGCCGACGCCCTCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACCATGTGGCCCTGCTGCGCAGTGGTGGAGGGGCCGACGCCCTCGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCTCAGTGGCCTCGTGCTGCTGGTCACCGGCCTGACCCTGGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGCTCAGTGGCCTCGTGCTGCTGGTCACCGGCCTGACCCTGGCCGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCGCCGCCCCTGCCCCTGCTCGGCCGCTGGCCGCCATGCTGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCGCCGCCCCTGCCCCTGCTCGGCCGCTGGCCGCCATGCTGTCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCATTGCTCTGGCTGCCTTGGGCTCGCTTTTGCTGCTGGGCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCATTGCTCTGGCTGCCTTGGGCTCGCTTTTGCTGCTGGGCCTGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTATCAAGTGGGTGTGAGCGGACACTGCCCCTCCATCTGTATGGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTATCAAGTGGGTGTGAGCGGACACTGCCCCTCCATCTGTATGGCCACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTCCACCCACAGTGGCCATGGCGGCCATGGCAGCATCTTCAGCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTCCACCCACAGTGGCCATGGCGGCCATGGCAGCATCTTCAGCATCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGACAGTTGTCTGCTGGCCGGCGTCACGAGACCACATCCAGCATTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGACAGTTGTCTGCTGGCCGGCGTCACGAGACCACATCCAGCATTGCCAG

    650     .
    651 CCTCATC
        |||||||
 100651 CCTCATC