seq1 = pF1KB7044.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KB7044/gi568815589f_877002.tfa (gi568815589f:877002_1091002), 214001 bp

>pF1KB7044 1416
>gi568815589f:877002_1091002 (Chr9)

1-454  (100001-100454)   100% ->
455-1416  (113040-114001)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGCTACGGCTCCCCCTACCTGTACATGGGCGGCCCGGTGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGGCTACGGCTCCCCCTACCTGTACATGGGCGGCCCGGTGTCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCCACGGGCGCCCCTGCAGCGCACGCCCAAGTGCGCGCGCTGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCCACGGGCGCCCCTGCAGCGCACGCCCAAGTGCGCGCGCTGCCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCATGGCGTCCTGTCCTGGCTCAAGGGCCACAAGCGTTACTGCCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCATGGCGTCCTGTCCTGGCTCAAGGGCCACAAGCGTTACTGCCGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGACTGCACCTGCGAGAAGTGCATCCTCATCATCGAGCGGCAGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGACTGCACCTGCGAGAAGTGCATCCTCATCATCGAGCGGCAGCGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGCTGCGCAGGTGGCGCTGCGCCGGCAGCAGGCCAACGAGAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGGCTGCGCAGGTGGCGCTGCGCCGGCAGCAGGCCAACGAGAGCTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGCCTCATCCCCGACTCGCTGCGCGCTCTGCCAGGGCCCCCGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAGCCTCATCCCCGACTCGCTGCGCGCTCTGCCAGGGCCCCCGCCGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGGACGCCGTCGCCGCCCCGCAGCCGCCGCCAGCCTCTCAGCCGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGGACGCCGTCGCCGCCCCGCAGCCGCCGCCAGCCTCTCAGCCGTCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCGCAGCCGCCGCGCCCTGCTGCCGAGTTGGCCGCGGCCGCCGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCGCAGCCGCCGCGCCCTGCTGCCGAGTTGGCCGCGGCCGCCGCGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTTGGACTGCCGAGCCGCAGCCCGGGGCTCTGCAGGCGCAGCTCGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTTGGACTGCCGAGCCGCAGCCCGGGGCTCTGCAGGCGCAGCTCGCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAG         ATTTGACTGAAGAACGACTTGGAGACGGCAAGTCGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAGGTA...CAGATTTGACTGAAGAACGACTTGGAGACGGCAAGTCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGACAATACAGAGGTCTTCAGTGACAAAGACACTGACCAGAGGAGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113077 AGACAATACAGAGGTCTTCAGTGACAAAGACACTGACCAGAGGAGTTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGATGTGGCAAAGAGTAAGGGCTGCTTCACCCCTGAGAGCCCTGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113127 CAGATGTGGCAAAGAGTAAGGGCTGCTTCACCCCTGAGAGCCCTGAGATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGTCCGTGGAGGAAGGGGGATACGCTGTCCAGAAAAACGGAGGCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113177 GTGTCCGTGGAGGAAGGGGGATACGCTGTCCAGAAAAACGGAGGCAACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGAGAGCCGCCCTGACAGCCCCAAGTGTCACGCGGAGCAGAATCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113227 CGAGAGCCGCCCTGACAGCCCCAAGTGTCACGCGGAGCAGAATCACCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGATTGAGGGCCCCTCGGGGACTGTTTCTCTGCCCTTCAGCTTGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113277 TGATTGAGGGCCCCTCGGGGACTGTTTCTCTGCCCTTCAGCTTGAAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AACAGACCGCCGCTTGAAGTGTTAAAAAAGATATTCCCCAACCAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113327 AACAGACCGCCGCTTGAAGTGTTAAAAAAGATATTCCCCAACCAGAAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AACGGTGCTTGAGCTCATCCTCAAGGGCTGTGGCGGGGACCTGGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113377 AACGGTGCTTGAGCTCATCCTCAAGGGCTGTGGCGGGGACCTGGTGAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCGTGGAAGTCCTTCTGTCCAGCCGATCCTCAGTCACGGGAGCAGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113427 CCGTGGAAGTCCTTCTGTCCAGCCGATCCTCAGTCACGGGAGCAGAGCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACTTCCGCAGAACCTGAGAGTCTAGCGTTGCCCTCCAATGGGCACATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113477 ACTTCCGCAGAACCTGAGAGTCTAGCGTTGCCCTCCAATGGGCACATCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGAACACACCTTGAGCTCCTACCCCATCTCGTCTTCCAAATGGTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113527 TGAACACACCTTGAGCTCCTACCCCATCTCGTCTTCCAAATGGTCTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GATCAGCCTTTCGAGTCCCAGACACGTTGAGGTTTTCTGCCGACTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113577 GATCAGCCTTTCGAGTCCCAGACACGTTGAGGTTTTCTGCCGACTCTAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AACGTTGTCCCCAGTCCCTTGGCTGGGCCTCTGCAGCCCCCTTTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113627 AACGTTGTCCCCAGTCCCTTGGCTGGGCCTCTGCAGCCCCCTTTCCCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCCACCCCGGTACCCGCTGATGCTGAGGAATACTTTGGCGAGAAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113677 GCCACCCCGGTACCCGCTGATGCTGAGGAATACTTTGGCGAGAAGCCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CGAGCCCCTTTTTGCCCAATGATGTCACCCTGTGGAACACCATGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113727 CGAGCCCCTTTTTGCCCAATGATGTCACCCTGTGGAACACCATGACGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CAGCAGCAGTATCAGCTGAGGTCCCAGTATGTCAGTCCTTTCCCCAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113777 CAGCAGCAGTATCAGCTGAGGTCCCAGTATGTCAGTCCTTTCCCCAGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTCTACCAGCGTCTTCAGAAGCTCGCCCGTCCTTCCTGCCCGCGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113827 CTCTACCAGCGTCTTCAGAAGCTCGCCCGTCCTTCCTGCCCGCGCCACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AAGACCCTCGGATTTCCATCCCTGATGATGGGTGTCCATTTGTGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113877 AAGACCCTCGGATTTCCATCCCTGATGATGGGTGTCCATTTGTGTCAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CAGTCCATTTACACCGAGGACGACTATGACGAGAGGTCTGACTCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113927 CAGTCCATTTACACCGAGGACGACTATGACGAGAGGTCTGACTCCTCAGA

   1400     .    :    .    :    .
   1392 CTCTAGAACACTCAACACATCATCT
        |||||||||||||||||||||||||
 113977 CTCTAGAACACTCAACACATCATCT