seq1 = pF1KB7041.tfa, 1716 bp
seq2 = pF1KB7041/gi568815578r_4121526.tfa (gi568815578r:4121526_4348957), 227432 bp

>pF1KB7041 1716
>gi568815578r:4121526_4348957 (Chr20)

(complement)

1-1111  (100001-101111)   100% ->
1112-1716  (126828-127432)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTTCCGCGATCTCCTGAGCGTCAGTTTCGAGGGACCCCGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTTCCGCGATCTCCTGAGCGTCAGTTTCGAGGGACCCCGCCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGCGCAGGGGGCTCCAGCGCGGGCGGCGGCGGGGGCAGCGCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGCGCAGGGGGCTCCAGCGCGGGCGGCGGCGGGGGCAGCGCGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCGGCCCCCTCGGAGGGCCCGGCGGTGGGCGGCGTGCCGGGGGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCGGCCCCCTCGGAGGGCCCGGCGGTGGGCGGCGTGCCGGGGGGCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGGCGGCGGCGGCGTGGTGGGCGCAGGCAGCGGCGAGGACAACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGGCGGCGGCGGCGTGGTGGGCGCAGGCAGCGGCGAGGACAACCGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCGCGGGGGAGCCGGGGAGCGCGGGCGCGGGCGGCGACGTGAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCGCGGGGGAGCCGGGGAGCGCGGGCGCGGGCGGCGACGTGAATGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCGGCCGTCGGGGGACTGGTGGTGAGCGCGCAGGGCGTGGGCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCGGCCGTCGGGGGACTGGTGGTGAGCGCGCAGGGCGTGGGCGTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCTTCCTGGCAGCCTTCATCCTTATGGCCGTGGCAGGTAACCTGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCTTCCTGGCAGCCTTCATCCTTATGGCCGTGGCAGGTAACCTGCTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCCTCTCAGTGGCCTGCAACCGCCACCTGCAGACCGTCACCAACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATCCTCTCAGTGGCCTGCAACCGCCACCTGCAGACCGTCACCAACTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCGTGAACCTGGCCGTGGCCGACCTGCTGCTGAGCGCCACCGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCGTGAACCTGGCCGTGGCCGACCTGCTGCTGAGCGCCACCGTACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCTTCTCGGCCACCATGGAGGTTCTGGGCTTCTGGGCCTTTGGCCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCTTCTCGGCCACCATGGAGGTTCTGGGCTTCTGGGCCTTTGGCCGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTGCGACGTATGGGCCGCCGTGGACGTGCTGTGCTGCACGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTGCGACGTATGGGCCGCCGTGGACGTGCTGTGCTGCACGGCCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCAGCCTCTGCACCATCTCCGTGGACCGGTACGTGGGCGTGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTCAGCCTCTGCACCATCTCCGTGGACCGGTACGTGGGCGTGCGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCACTCAAGTACCCAGCCATCATGACCGAGCGCAAGGCGGCCGCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCACTCAAGTACCCAGCCATCATGACCGAGCGCAAGGCGGCCGCCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCCCTGCTCTGGGTCGTAGCCCTGGTGGTGTCCGTAGGGCCCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCCCTGCTCTGGGTCGTAGCCCTGGTGGTGTCCGTAGGGCCCCTGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCTGGAAGGAGCCCGTGCCCCCTGACGAGCGCTTCTGCGGTATCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCTGGAAGGAGCCCGTGCCCCCTGACGAGCGCTTCTGCGGTATCACCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGGCGGGCTACGCTGTCTTCTCCTCCGTGTGCTCCTTCTACCTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAGGCGGGCTACGCTGTCTTCTCCTCCGTGTGCTCCTTCTACCTGCCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGCGGTCATCGTGGTCATGTACTGCCGCGTGTACGTGGTCGCGCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGCGGTCATCGTGGTCATGTACTGCCGCGTGTACGTGGTCGCGCGCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCACGCGCAGCCTCGAGGCGGGCGTCAAGCGCGAGCGAGGCAAGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCACGCGCAGCCTCGAGGCGGGCGTCAAGCGCGAGCGAGGCAAGGCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGTGGTGCTGCGCATCCACTGTCGCGGCGCGGCCACGGGCGCCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGGTGGTGCTGCGCATCCACTGTCGCGGCGCGGCCACGGGCGCCGACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCGCACGGCATGCGCAGCGCCAAGGGCCACACCTTCCGCAGCTCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCGCACGGCATGCGCAGCGCCAAGGGCCACACCTTCCGCAGCTCGCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCGTGCGCCTGCTCAAGTTCTCCCGTGAGAAGAAAGCGGCCAAGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCGTGCGCCTGCTCAAGTTCTCCCGTGAGAAGAAAGCGGCCAAGACTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCATCGTCGTGGGTGTCTTCGTGCTCTGCTGGTTCCCTTTCTTCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCATCGTCGTGGGTGTCTTCGTGCTCTGCTGGTTCCCTTTCTTCTTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCTGCCGCTCG         GCTCCTTGTTCCCGCAGCTGAAGCCATCGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCTGCCGCTCGGTG...CAGGCTCCTTGTTCCCGCAGCTGAAGCCATCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGGGCGTCTTCAAGGTCATCTTCTGGCTCGGCTACTTCAACAGCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126858 AGGGCGTCTTCAAGGTCATCTTCTGGCTCGGCTACTTCAACAGCTGCGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AACCCGCTCATCTACCCCTGTTCCAGCCGCGAGTTCAAGCGCGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126908 AACCCGCTCATCTACCCCTGTTCCAGCCGCGAGTTCAAGCGCGCCTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CCGTCTCCTGCGCTGCCAGTGCCGTCGTCGCCGGCGCCGCCGCCCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126958 CCGTCTCCTGCGCTGCCAGTGCCGTCGTCGCCGGCGCCGCCGCCCTCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GGCGTGTCTACGGCCACCACTGGCGGGCCTCCACCAGCGGCCTGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127008 GGCGTGTCTACGGCCACCACTGGCGGGCCTCCACCAGCGGCCTGCGCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GACTGCGCCCCGAGTTCGGGCGACGCGCCCCCCGGAGCGCCGCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127058 GACTGCGCCCCGAGTTCGGGCGACGCGCCCCCCGGAGCGCCGCTGGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CACCGCGCTCCCCGACCCCGACCCCGAACCCCCAGGCACGCCCGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127108 CACCGCGCTCCCCGACCCCGACCCCGAACCCCCAGGCACGCCCGAGATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AGGCTCCGGTCGCCAGCCGTCGAAAGCCACCCAGCGCCTTCCGCGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127158 AGGCTCCGGTCGCCAGCCGTCGAAAGCCACCCAGCGCCTTCCGCGAGTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AGGCTGCTGGGGCCGTTCCGGAGACCCACGACCCAGCTGCGCGCCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127208 AGGCTGCTGGGGCCGTTCCGGAGACCCACGACCCAGCTGCGCGCCAAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CTCCAGCCTGTCGCACAAGATCCGCGCCGGGGGCGCGCAGCGCGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127258 CTCCAGCCTGTCGCACAAGATCCGCGCCGGGGGCGCGCAGCGCGCAGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CAGCGTGCGCCCAGCGCTCAGAGGTGGAGGCTGTGTCCCTAGGCGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127308 CAGCGTGCGCCCAGCGCTCAGAGGTGGAGGCTGTGTCCCTAGGCGTCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CACGAGGTGGCCGAGGGCGCCACCTGCCAGGCCTACGAATTGGCCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127358 CACGAGGTGGCCGAGGGCGCCACCTGCCAGGCCTACGAATTGGCCGACTA

   1700     .    :    .    :    .
   1692 CAGCAACCTACGGGAGACCGATATT
        |||||||||||||||||||||||||
 127408 CAGCAACCTACGGGAGACCGATATT