seq1 = pF1KB7040.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB7040/gi568815578f_45107054.tfa (gi568815578f:45107054_45308683), 201630 bp

>pF1KB7040 1386
>gi568815578f:45107054_45308683 (Chr20)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-1386  (100321-101630)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCCAACATCATCTTTGTACTTTCCCTGCTCCTCATCTTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCCCAACATCATCTTTGTACTTTCCCTGCTCCTCATCTTGGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAAGCAGCTGTGATGGGACAAAAAG         GTGGATCAAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GCAAGCAGCTGTGATGGGACAAAAAGGTG...CAGGTGGATCAAAAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATTACCAAGTGAATTTTCCCAATTTCCACACGGACAAAAGGGCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100336 GATTACCAAGTGAATTTTCCCAATTTCCACACGGACAAAAGGGCCAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATTCTGGACAAAAAGGCAAGCAACAAACTGAATCCAAAGGCAGTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100386 TATTCTGGACAAAAAGGCAAGCAACAAACTGAATCCAAAGGCAGTTTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATTCAATACACATATCATGTAGATGCCAATGATCATGACCAGTCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100436 TATTCAATACACATATCATGTAGATGCCAATGATCATGACCAGTCCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAGTCAGCAATATGATTTGAATGCCCTACATAAGACGACAAAATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100486 AAAGTCAGCAATATGATTTGAATGCCCTACATAAGACGACAAAATCACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGACATCTAGGTGGAAGTCAACAACTGCTCCATAATAAACAAGAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100536 CGACATCTAGGTGGAAGTCAACAACTGCTCCATAATAAACAAGAAGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGACCATGATAAATCAAAAGGTCATTTTCACAGGGTAGTTATACACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100586 AGACCATGATAAATCAAAAGGTCATTTTCACAGGGTAGTTATACACCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGGAGGCAAAGCTCATCGTGGGACACAAAATCCTTCTCAAGATCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100636 AAGGAGGCAAAGCTCATCGTGGGACACAAAATCCTTCTCAAGATCAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATAGCCCATCTGGAAAGGGAATATCCAGTCAATATTCAAACACAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100686 AATAGCCCATCTGGAAAGGGAATATCCAGTCAATATTCAAACACAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAGGCTGTGGGTTCATGGACTAAGTAAAGAACAAACTTCCGTCTCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100736 AAGGCTGTGGGTTCATGGACTAAGTAAAGAACAAACTTCCGTCTCTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CACAAAAAGGTAGAAAACAAGGCGGATCCCAAAGCAGTTATGTTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100786 CACAAAAAGGTAGAAAACAAGGCGGATCCCAAAGCAGTTATGTTCTCCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACTGAAGAGCTAGTAGCTAACAAACAACAACGTGAGACTAAAAATTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100836 ACTGAAGAGCTAGTAGCTAACAAACAACAACGTGAGACTAAAAATTCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCAAAATAAAGGGCATTACCAAAATGTGGTTGAAGTGAGAGAGGAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100886 TCAAAATAAAGGGCATTACCAAAATGTGGTTGAAGTGAGAGAGGAACATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAAGTAAAGTACAAACCTCACTCTGTCCTGCGCACCAAGACAAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 CAAGTAAAGTACAAACCTCACTCTGTCCTGCGCACCAAGACAAACTCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CATGGATCCAAAGACATTTTTTCTACCCAAGATGAGCTCCTAGTATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100986 CATGGATCCAAAGACATTTTTTCTACCCAAGATGAGCTCCTAGTATATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAAGAATCAACACCAGACAAAAAATCTCAATCAAGATCAACAGCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101036 CAAGAATCAACACCAGACAAAAAATCTCAATCAAGATCAACAGCATGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAAAGGCAAATAAAATATCATACCAATCTTCAAGTACAGAAGAAAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101086 GAAAGGCAAATAAAATATCATACCAATCTTCAAGTACAGAAGAAAGACGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTCCACTATGGAGAAAATGGTGTGCAGAAAGATGTATCCCAAAGCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101136 CTCCACTATGGAGAAAATGGTGTGCAGAAAGATGTATCCCAAAGCAGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TTATAGCCAAACTGAAGAGAAAGCACAGGGCAAGTCTCAAAAACAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101186 TTATAGCCAAACTGAAGAGAAAGCACAGGGCAAGTCTCAAAAACAGATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAATTCCCAGTCAAGAGCAAGAGCATAGCCAAAAGGCAAATAAAATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 CAATTCCCAGTCAAGAGCAAGAGCATAGCCAAAAGGCAAATAAAATATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TACCAATCTTCAAGTACGGAAGAAAGACGACTCCACTATGGAGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 TACCAATCTTCAAGTACGGAAGAAAGACGACTCCACTATGGAGAAAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGTGCAGAAAGATGTATCCCAACGCAGTATTTATAGCCAAACTGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101336 TGTGCAGAAAGATGTATCCCAACGCAGTATTTATAGCCAAACTGAAAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TAGTAGCAGGCAAGTCTCAAATCCAGGCACCAAATCCTAAGCAAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101386 TAGTAGCAGGCAAGTCTCAAATCCAGGCACCAAATCCTAAGCAAGAGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGGCATGGTGAAAATGCAAAAGGAGAGTCTGGCCAATCTACAAATAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101436 TGGCATGGTGAAAATGCAAAAGGAGAGTCTGGCCAATCTACAAATAGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 ACAAGACCTACTCAGTCATGAACAAAAAGGCAGACACCAACATGGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101486 ACAAGACCTACTCAGTCATGAACAAAAAGGCAGACACCAACATGGATCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ATGGGGGATTGGATATTGTAATTATAGAGCAGGAAGATGACAGTGATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101536 ATGGGGGATTGGATATTGTAATTATAGAGCAGGAAGATGACAGTGATCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1342 CATTTGGCACAACATCTTAACAACGACCGAAACCCATTATTTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101586 CATTTGGCACAACATCTTAACAACGACCGAAACCCATTATTTACA