seq1 = pF1KB7039.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KB7039/gi568815586f_108416973.tfa (gi568815586f:108416973_108619472), 202500 bp

>pF1KB7039 1374
>gi568815586f:108416973_108619472 (Chr12)

1-301  (100001-100301)   100% ->
302-1374  (101428-102500)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCTCATACCAATGGCTTCAGTGATGGCGGTGACTGAACCGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCTCATACCAATGGCTTCAGTGATGGCGGTGACTGAACCGAAATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCTCGGTCTGGAGCCGCTTCCTCTGGGTGACGCTGCTGAGCATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCTCGGTCTGGAGCCGCTTCCTCTGGGTGACGCTGCTGAGCATGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGTCCCTGCTGGCCCTGCTGCTGCCGCTGGGGGCTGTGGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGTCCCTGCTGGCCCTGCTGCTGCCGCTGGGGGCTGTGGAGGAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCTTGGCTGTGCTCAAAGGCCTCTACCTGCTCAGGAGCAAACCGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCTTGGCTGTGCTCAAAGGCCTCTACCTGCTCAGGAGCAAACCGGACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGCAGCATGCCGCCACCAAGTGCACCAGCCCGTCCACGGAGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGCAGCATGCCGCCACCAAGTGCACCAGCCCGTCCACGGAGCTCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACCTCCAGGGGCGCGACGCTGCTGGTGGCCAAGACCAAGGCCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACCTCCAGGGGCGCGACGCTGCTGGTGGCCAAGACCAAGGCCTCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 G         CGGGTAAGTTGGAAGCCAGAGCTGCCCTGAACCAGGCCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTA...CAGCGGGTAAGTTGGAAGCCAGAGCTGCCCTGAACCAGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGATGAAGCGCCAGGGCAAGCGGGAAAAAGCCCAAAAGCTCTTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101468 GGAGATGAAGCGCCAGGGCAAGCGGGAAAAAGCCCAAAAGCTCTTCATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGCCCTCAAGATGGACCCGGACTTCGTGGACGCGCTCACCGAGTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101518 ACGCCCTCAAGATGGACCCGGACTTCGTGGACGCGCTCACCGAGTTTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCTTCTCGGAAGAAGACAAGGACATCATCCAGGCGGACTACTTGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101568 ATCTTCTCGGAAGAAGACAAGGACATCATCCAGGCGGACTACTTGTACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGAGCATTGACCATCTCACCCTACCATGAGAAAGCACTGGTCAACCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 CAGAGCATTGACCATCTCACCCTACCATGAGAAAGCACTGGTCAACCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATCGGACACTGCCTCTTGTGGAAGAGATCGACCAGAGGTATTTCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101668 ATCGGACACTGCCTCTTGTGGAAGAGATCGACCAGAGGTATTTCAGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCGACAGCAAAGTGAAGAAGGTCATGTCCATCCCCAAGGGGAACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101718 ATCGACAGCAAAGTGAAGAAGGTCATGTCCATCCCCAAGGGGAACTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCTGCGCAGGGTCATGGAGGAGACCTACTACCATCACATCTACCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101768 TCTGCGCAGGGTCATGGAGGAGACCTACTACCATCACATCTACCACACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGCCATCGAGGGCAACACCCTCACCCTCTCGGAAATCAGGCACATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101818 TGGCCATCGAGGGCAACACCCTCACCCTCTCGGAAATCAGGCACATCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGACCCGCTACGCCGTGCCCGGGAAGAGCCTGGAGGAGCAGAACGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101868 GAGACCCGCTACGCCGTGCCCGGGAAGAGCCTGGAGGAGCAGAACGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATAGGCATGCATGCAGCCATGAAGTACATCAACACGACTCTGGTTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101918 CATAGGCATGCATGCAGCCATGAAGTACATCAACACGACTCTGGTTTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCATCGGCTCCGTCACCATCAGCGACGTGCTGGAGATCCACAGGCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 GCATCGGCTCCGTCACCATCAGCGACGTGCTGGAGATCCACAGGCGGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGGGCTACGTGGACCCCGTGGAAGCCGGCAGGTTTCGGACAACACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102018 CTGGGCTACGTGGACCCCGTGGAAGCCGGCAGGTTTCGGACAACACAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTGGTCGGACACCACATCCCTCCCCATCCGCAGGATGTGGAAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102068 CCTGGTCGGACACCACATCCCTCCCCATCCGCAGGATGTGGAAAAGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCAGGAGTTTGTACAGTGGCTCAACTCCGAGGAAGCCATGAACCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102118 TGCAGGAGTTTGTACAGTGGCTCAACTCCGAGGAAGCCATGAACCTGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCAGTGGAGTTTGCAGCCTTAGCCCATTATAAACTCGTTTACATCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102168 CCAGTGGAGTTTGCAGCCTTAGCCCATTATAAACTCGTTTACATCCACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TTTCATTGATGGCAACGGGAGGACCTCCCGTCTGCTCATGAACCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102218 TTTCATTGATGGCAACGGGAGGACCTCCCGTCTGCTCATGAACCTCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TCATGCAGGCGGGCTACCCGCCCATCACCATCCGCAAGGAGCAGCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102268 TCATGCAGGCGGGCTACCCGCCCATCACCATCCGCAAGGAGCAGCGGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GACTACTACCACGTGTTGGAAGCTGCCAACGAGGGCGACGTGAGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102318 GACTACTACCACGTGTTGGAAGCTGCCAACGAGGGCGACGTGAGGCCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CATTCGCTTCATCGCCAAGTGTACTGAGACCACCCTGGACACCCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102368 CATTCGCTTCATCGCCAAGTGTACTGAGACCACCCTGGACACCCTGCTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TTGCCACAACTGAGTACTCGGTGGCACTGCCAGAAGCCCAACCCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102418 TTGCCACAACTGAGTACTCGGTGGCACTGCCAGAAGCCCAACCCAACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :
   1342 TCTGGGTTCAAGGAGACGCTTCCTGTGAAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102468 TCTGGGTTCAAGGAGACGCTTCCTGTGAAGCCC