seq1 = pF1KB7037.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KB7037/gi568815593f_159816906.tfa (gi568815593f:159816906_160072489), 255584 bp

>pF1KB7037 1560
>gi568815593f:159816906_160072489 (Chr5)

1-949  (100001-100949)   100% ->
950-1560  (154974-155584)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCCGACCTGGACACCGGCCACAACACATCAGCACCTGCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCCGACCTGGACACCGGCCACAACACATCAGCACCTGCCCACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGAGTTGAAAAATGCCAACTTCACTGGCCCCAACCAGACCTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGAGTTGAAAAATGCCAACTTCACTGGCCCCAACCAGACCTCGAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCACACTGCCCCAGCTGGACATCACCAGGGCCATCTCTGTGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCCACACTGCCCCAGCTGGACATCACCAGGGCCATCTCTGTGGGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCTGGGCGCCTTCATCCTCTTTGCCATCGTGGGCAACATCCTAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCTGGGCGCCTTCATCCTCTTTGCCATCGTGGGCAACATCCTAGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGTCTGTGGCCTGCAACCGGCACCTGCGGACGCCCACCAACTACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTGTCTGTGGCCTGCAACCGGCACCTGCGGACGCCCACCAACTACTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTCAACCTGGCCATGGCCGACCTGCTGTTGAGCTTCACCGTCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTCAACCTGGCCATGGCCGACCTGCTGTTGAGCTTCACCGTCCTGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTCAGCGGCCCTAGAGGTGCTCGGCTACTGGGTGCTGGGGCGGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTCAGCGGCCCTAGAGGTGCTCGGCTACTGGGTGCTGGGGCGGATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGTGACATCTGGGCAGCCGTGGATGTCCTGTGCTGCACAGCGTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGTGACATCTGGGCAGCCGTGGATGTCCTGTGCTGCACAGCGTCCATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGCCTGTGCGCCATCTCCATCGATCGCTACATCGGGGTGCGCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGCCTGTGCGCCATCTCCATCGATCGCTACATCGGGGTGCGCTACTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCAGTATCCCACGCTGGTCACCCGGAGGAAGGCCATCTTGGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCAGTATCCCACGCTGGTCACCCGGAGGAAGGCCATCTTGGCGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGTGTCTGGGTCTTGTCCACCGTCATCTCCATCGGGCCTCTCCTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGTGTCTGGGTCTTGTCCACCGTCATCTCCATCGGGCCTCTCCTTGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGAAGGAGCCGGCACCCAACGATGACAAGGAGTGCGGGGTCACCGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGAAGGAGCCGGCACCCAACGATGACAAGGAGTGCGGGGTCACCGAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCTTCTATGCCCTCTTCTCCTCTCTGGGCTCCTTCTACATCCCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCTTCTATGCCCTCTTCTCCTCTCTGGGCTCCTTCTACATCCCTCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTCATTCTAGTCATGTACTGCCGTGTCTATATAGTGGCCAAGAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTCATTCTAGTCATGTACTGCCGTGTCTATATAGTGGCCAAGAGAACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAGAACCTAGAGGCAGGAGTCATGAAGGAGATGTCCAACTCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAAGAACCTAGAGGCAGGAGTCATGAAGGAGATGTCCAACTCCAAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGACCCTGAGGATCCATTCCAAGAACTTTCACGAGGACACCCTTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGACCCTGAGGATCCATTCCAAGAACTTTCACGAGGACACCCTTAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TACCAAGGCCAAGGGCCACAACCCCAGGAGTTCCATAGCTGTCAAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TACCAAGGCCAAGGGCCACAACCCCAGGAGTTCCATAGCTGTCAAACTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTAAGTTCTCCAGGGAAAAGAAAGCAGCTAAGACGTTGGGCATTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTAAGTTCTCCAGGGAAAAGAAAGCAGCTAAGACGTTGGGCATTGTGGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGTATGTTCATCTTGTGCTGGCTACCCTTCTTCATCGCTCTACCGCTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100901 GGTATGTTCATCTTGTGCTGGCTACCCTTCTTCATCGCTCTACCGCTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950         GCTCCTTGTTCTCCACCCTGAAGCCCCCCGACGCCGTGTTCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TA...CAGGCTCCTTGTTCTCCACCCTGAAGCCCCCCGACGCCGTGTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGTGGTGTTCTGGCTGGGCTACTTCAACAGCTGCCTCAACCCCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155016 AGGTGGTGTTCTGGCTGGGCTACTTCAACAGCTGCCTCAACCCCATCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TACCCATGCTCCAGCAAGGAGTTCAAGCGCGCTTTCGTGCGCATCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155066 TACCCATGCTCCAGCAAGGAGTTCAAGCGCGCTTTCGTGCGCATCCTCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GTGCCAGTGCCGCGGCCGCGGCCGCCGCCGACGCCGCCGCCGCCGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155116 GTGCCAGTGCCGCGGCCGCGGCCGCCGCCGACGCCGCCGCCGCCGTCGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGGGCGGCTGCGCCTACACCTACCGGCCGTGGACGCGCGGCGGCTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155166 TGGGCGGCTGCGCCTACACCTACCGGCCGTGGACGCGCGGCGGCTCGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GAGCGCTCGCAGTCGCGCAAGGACTCGCTGGACGACAGCGGCAGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155216 GAGCGCTCGCAGTCGCGCAAGGACTCGCTGGACGACAGCGGCAGCTGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GAGCGGCAGCCAGCGGACCCTGCCCTCGGCCTCGCCGAGCCCGGGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155266 GAGCGGCAGCCAGCGGACCCTGCCCTCGGCCTCGCCGAGCCCGGGCTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGGGCCGCGGCGCGCCACCGCCAGTCGAGCTGTGCGCCTTCCCCGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155316 TGGGCCGCGGCGCGCCACCGCCAGTCGAGCTGTGCGCCTTCCCCGAGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AAGGCGCCCGGCGCCCTCCTGAGCCTGCCCGCGCCTGAGCCCCCCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155366 AAGGCGCCCGGCGCCCTCCTGAGCCTGCCCGCGCCTGAGCCCCCCGGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CCGCGGCCGCCACGACTCGGGCCCGCTCTTCACCTTCAAGCTCCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155416 CCGCGGCCGCCACGACTCGGGCCCGCTCTTCACCTTCAAGCTCCTGACCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AGCCCGAGAGCCCCGGGACCGACGGCGGCGCCAGCAACGGAGGCTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155466 AGCCCGAGAGCCCCGGGACCGACGGCGGCGCCAGCAACGGAGGCTGCGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GCCGCGGCCGACGTGGCCAACGGGCAGCCGGGCTTCAAAAGCAACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155516 GCCGCGGCCGACGTGGCCAACGGGCAGCCGGGCTTCAAAAGCAACATGCC

   1550     .    :    .
   1542 CCTGGCGCCCGGGCAGTTT
        |||||||||||||||||||
 155566 CCTGGCGCCCGGGCAGTTT