seq1 = pF1KB7034.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB7034/gi568815593f_76616308.tfa (gi568815593f:76616308_76833500), 217193 bp

>pF1KB7034 1275
>gi568815593f:76616308_76833500 (Chr5)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-1275  (116007-117193)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCGCGGCGGCTGCTGCTGGTGGCCGCCTGCTTCAGTCTGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCCGCGGCGGCTGCTGCTGGTGGCCGCCTGCTTCAGTCTGTGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCTGTTGTCTGCCCGCACCCGGGCCCGCAGGCCAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CCCGCTGTTGTCTGCCCGCACCCGGGCCCGCAGGCCAGGTG...CAGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAAAGCAACAAATGCCACCTTAGATCCCCGGTCATTTCTTCTCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116010 CAAAAGCAACAAATGCCACCTTAGATCCCCGGTCATTTCTTCTCAGGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCAATGATAAATATGAACCATTTTGGGAGGATGAGGAGAAAAATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116060 CCCAATGATAAATATGAACCATTTTGGGAGGATGAGGAGAAAAATGAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGTTAACTGAATACAGATTAGTCTCCATCAATAAAAGCAGTCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116110 TGGGTTAACTGAATACAGATTAGTCTCCATCAATAAAAGCAGTCCTCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAACAACTTCCTGCATTCATCTCAGAAGATGCCTCCGGATATTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116160 AAAAACAACTTCCTGCATTCATCTCAGAAGATGCCTCCGGATATTTGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCTCCTGGCTGACACTCTTTGTCCCATCTGTGTACACCGGAGTGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116210 AGCTCCTGGCTGACACTCTTTGTCCCATCTGTGTACACCGGAGTGTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTCAGCCTCCCACTAAACATCATGGCCATCGTTGTGTTCATCCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116260 AGTCAGCCTCCCACTAAACATCATGGCCATCGTTGTGTTCATCCTGAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAAGGTCAAGAAGCCGGCGGTGGTGTACATGCTGCACCTGGCCACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116310 TGAAGGTCAAGAAGCCGGCGGTGGTGTACATGCTGCACCTGGCCACGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGTGCTGTTTGTGTCTGTGCTCCCCTTTAAGATCAGCTATTACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116360 GATGTGCTGTTTGTGTCTGTGCTCCCCTTTAAGATCAGCTATTACTTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGGCAGTGATTGGCAGTTTGGGTCTGAATTGTGTCGCTTCGTCACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116410 CGGCAGTGATTGGCAGTTTGGGTCTGAATTGTGTCGCTTCGTCACTGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CATTTTACTGTAACATGTACGCCTCTATCTTGCTCATGACAGTCATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116460 CATTTTACTGTAACATGTACGCCTCTATCTTGCTCATGACAGTCATAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTGACCGGTTTCTGGCTGTGGTGTATCCCATGCAGTCCCTCTCCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116510 ATTGACCGGTTTCTGGCTGTGGTGTATCCCATGCAGTCCCTCTCCTGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TACTCTGGGAAGGGCTTCCTTCACTTGTCTGGCCATCTGGGCTTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116560 TACTCTGGGAAGGGCTTCCTTCACTTGTCTGGCCATCTGGGCTTTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCGCAGGGGTAGTGCCTCTGCTCCTCAAGGAGCAAACCATCCAGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116610 TCGCAGGGGTAGTGCCTCTGCTCCTCAAGGAGCAAACCATCCAGGTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGGCTCAACATCACTACCTGTCATGATGTGCTCAATGAAACCCTGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116660 GGGCTCAACATCACTACCTGTCATGATGTGCTCAATGAAACCCTGCTCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGGCTACTATGCCTACTACTTCTCAGCCTTCTCTGCTGTCTTCTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116710 AGGCTACTATGCCTACTACTTCTCAGCCTTCTCTGCTGTCTTCTTTTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGCCGCTGATCATTTCCACGGTCTGTTATGTGTCTATCATTCGATGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116760 TGCCGCTGATCATTTCCACGGTCTGTTATGTGTCTATCATTCGATGTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGCTCTTCCGCAGTTGCCAACCGCAGCAAGAAGTCCCGGGCTTTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116810 AGCTCTTCCGCAGTTGCCAACCGCAGCAAGAAGTCCCGGGCTTTGTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTCAGCTGCTGTTTTCTGCATCTTCATCATTTGCTTCGGACCCACAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116860 GTCAGCTGCTGTTTTCTGCATCTTCATCATTTGCTTCGGACCCACAAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCTCCTGATTGTGCATTACTCATTCCTTTCTCACACTTCCACCACAGAG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116910 TCCTCCTGATTGCGCATTACTCATTCCTTTCTCACACTTCCACCACAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCTGCCTACTTTGCCTACCTCCTCTGTGTCTGTGTCAGCAGCATAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116960 GCTGCCTACTTTGCCTACCTCCTCTGTGTCTGTGTCAGCAGCATAAGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTGCATCGACCCCCTAATTTACTATTACGCTTCCTCTGAGTGCCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117010 CTGCATCGACCCCCTAATTTACTATTACGCTTCCTCTGAGTGCCAGAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACGTCTACAGTATCTTATGCTGCAAAGAAAGTTCCGATCCCAGCAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117060 ACGTCTACAGTATCTTATGCTGCAAAGAAAGTTCCGATCCCAGCAGTTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AACAGCAGTGGGCAGTTGATGGCAAGTAAAATGGATACCTGCTCTAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117110 AACAGCAGTGGGCAGTTGATGGCAAGTAAAATGGATACCTGCTCTAGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1242 CCTGAATAACAGCATATACAAAAAGCTGTTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117160 CCTGAATAACAGCATATACAAAAAGCTGTTAACT