seq1 = pF1KB6992.tfa, 756 bp
seq2 = pF1KB6992/gi568815583f_48231516.tfa (gi568815583f:48231516_48442075), 210560 bp

>pF1KB6992 756
>gi568815583f:48231516_48442075 (Chr15)

1-280  (100001-100280)   100% ->
281-419  (100753-100891)   100% ->
420-511  (102902-102993)   100% ->
512-556  (104531-104575)   100% ->
557-631  (109774-109848)   100% ->
632-702  (110000-110070)   100% ->
703-756  (110507-110560)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCCCCTCTGCCCTCGCCCCGCGCTCTGCTACCATTTCCTTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCCCCTCTGCCCTCGCCCCGCGCTCTGCTACCATTTCCTTACGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCTTCGCTCAGCGATGCAAAACGCGCGAGGCGCACGGCAGAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCTTCGCTCAGCGATGCAAAACGCGCGAGGCGCACGGCAGAGGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCCGCGGTACTCTCCGGGCCAGGCCCGCCCCTCGGCCGCGCCGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCCGCGGTACTCTCCGGGCCAGGCCCGCCCCTCGGCCGCGCCGCGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACGGGATTCCCCGGCCGCTGTCCAGCGCTGGCCGCCTGAGCCAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACGGGATTCCCCGGCCGCTGTCCAGCGCTGGCCGCCTGAGCCAAGGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCGGAGCCAGTACAGTCGGGGCCGCTGGCTGGAAGGGCGAGCTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCGGAGCCAGTACAGTCGGGGCCGCTGGCTGGAAGGGCGAGCTTCCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGCGGGGGGAAGCCCGGCGCCGGGGCCGG         AGACACCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100251 AGGCGGGGGGAAGCCCGGCGCCGGGGCCGGGTA...AAGAGACACCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTTCACCCAGTAAGCGGGCCCGGCCTGCGGAGGTGGGCGGCATGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100764 ATTTCACCCAGTAAGCGGGCCCGGCCTGCGGAGGTGGGCGGCATGCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCGCTTTGCCCGGCTCTCCGAGCACGCCACGGCCCCCACCCGGGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100814 CCGCTTTGCCCGGCTCTCCGAGCACGCCACGGCCCCCACCCGGGGCTCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCGCGCCGCGGGCTACGACCTGTACAG         TGCCTATGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100864 CGCGCGCCGCGGGCTACGACCTGTACAGGTG...TAGTGCCTATGATTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAATACCACCTATGGAGAAAGCTGTTGTGAAAACGGACATTCAGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102915 ACAATACCACCTATGGAGAAAGCTGTTGTGAAAACGGACATTCAGATAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTCCCTTCTGGGTGTTATGGAAGAGTGG         CTCCACGGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102965 GCTCCCTTCTGGGTGTTATGGAAGAGTGGGTA...TAGCTCCACGGTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTTGGCTGCAAAACACTTTATTGATGTAGGAG         CTGGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104543 GCTTGGCTGCAAAACACTTTATTGATGTAGGAGGTA...TAGCTGGTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATAGATGAAGATTATAGAGGAAATGTTGGTGTTGTACTGTTTAATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109782 ATAGATGAAGATTATAGAGGAAATGTTGGTGTTGTACTGTTTAATTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAAGAAAAGTTTGAAG         TCAAAAAAGGTGATCGAATTGCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109832 CAAAGAAAAGTTTGAAGGTA...AAGTCAAAAAAGGTGATCGAATTGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCTCATTTGCGAACGGATTTTTTATCCAGAAATAGAAGAAGTTCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110024 AGCTCATTTGCGAACGGATTTTTTATCCAGAAATAGAAGAAGTTCAAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GCCTTGGATGACACCGAAAGGGGTTCAGGAGGTTTTGGTTCCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110074 ...CAGGCCTTGGATGACACCGAAAGGGGTTCAGGAGGTTTTGGTTCCAC

    800     .    :
    747 TGGAAAGAAT
        ||||||||||
 110551 TGGAAAGAAT