seq1 = pF1KB6984.tfa, 741 bp
seq2 = pF1KB6984/gi568815591f_142649485.tfa (gi568815591f:142649485_142853013), 203529 bp

>pF1KB6984 741
>gi568815591f:142649485_142853013 (Chr7)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-200  (101071-101230)   100% ->
201-454  (102290-102543)   100% ->
455-591  (102947-103083)   99% ->
592-741  (103384-103533)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCACTCCTGATCCTTACCTTTGTGGCAGCTGCTC         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGAATCCACTCCTGATCCTTACCTTTGTGGCAGCTGCTCGTG...CAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCTGCCCCCTTTGATGATGATGACAAGATCGTTGGGGGCTACAACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101072 TGCTGCCCCCTTTGATGATGATGACAAGATCGTTGGGGGCTACAACTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGAATTCTGTCCCCTACCAGGTGTCCCTGAATTCTGGCTACCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101122 AGGAGAATTCTGTCCCCTACCAGGTGTCCCTGAATTCTGGCTACCACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTGGTGGCTCCCTCATCAACGAACAGTGGGTGGTATCAGCAGGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101172 TGTGGTGGCTCCCTCATCAACGAACAGTGGGTGGTATCAGCAGGCCACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACAAGTC         CCGCATCCAGGTGAGACTGGGAGAGCACAACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101222 CTACAAGTCGTA...CAGCCGCATCCAGGTGAGACTGGGAGAGCACAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCGAAGTCCTGGAGGGGAATGAGCAGTTCATCAATGCAGCCAAGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102322 TCGAAGTCCTGGAGGGGAATGAGCAGTTCATCAATGCAGCCAAGATCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCCACCCCCAATACGACAGGAAGACTCTGAACAATGACATCATGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102372 CGCCACCCCCAATACGACAGGAAGACTCTGAACAATGACATCATGTTAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGCTCTCCTCACGTGCAGTAATCAACGCCCGCGTGTCCACCATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102422 CAAGCTCTCCTCACGTGCAGTAATCAACGCCCGCGTGTCCACCATCTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCCCACCGCCCCTCCAGCCACTGGCACGAAGTGCCTCATCTCTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102472 TGCCCACCGCCCCTCCAGCCACTGGCACGAAGTGCCTCATCTCTGGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCAACACTGCGAGCTCTGGCG         CCGACTACCCAGACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102522 GGCAACACTGCGAGCTCTGGCGGTG...CAGCCGACTACCCAGACGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGTGCCTGGACGCTCCTGTGCTGAGCCAGGCTAAGTGTGAAGCCTCCT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102966 GCAGTGCCTGGATGCTCCTGTGCTGAGCCAGGCTAAGTGTGAAGCCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCTGGAAAGATTACCAGCAACATGTTCTGTGTGGGCTTCCTTGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103016 ACCCTGGAAAGATTACCAGCAACATGTTCTGTGTGGGCTTCCTTGAGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCAAGGATTCATGTCAG         GGTGATTCTGGTGGCCCTGTGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103066 GGCAAGGATTCATGTCAGGTG...CAGGGTGATTCTGGTGGCCCTGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGCAATGGACAGCTCCAAGGAGTTGTCTCCTGGGGTGATGGCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 CTGCAATGGACAGCTCCAAGGAGTTGTCTCCTGGGGTGATGGCTGTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAAGAACAAGCCTGGAGTCTACACCAAGGTCTACAACTATGTGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103457 AGAAGAACAAGCCTGGAGTCTACACCAAGGTCTACAACTATGTGAAATGG

    750     .    :    .    :    .
    715 ATTAAGAACACCATAGCTGCCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||| |||
 103507 ATTAAGAACACCATAGCTGCCAATAGC