seq1 = pF1KB6982.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KB6982/gi568815574f_13186638.tfa (gi568815574f:13186638_13387375), 200738 bp

>pF1KB6982 738
>gi568815574f:13186638_13387375 (ChrY)

1-738  (100001-100738)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCGTGGTTCCAGCGCCGGTTTTGACCGCCACATTACCATTTTTTC
        ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCATGGTTCCAGCGCTGGTTTTGACCGCCACATTACCATTTTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCGAGGGTCGGCTCTACCAAGTAGAATATGCTTTTAAGGCTATTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCGAGGGTCGGCTCTACCAAGTAGAATATGCTTTTAAGGCTATTAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGTGGCCTTACATCAGTAGCTGTCAGAGGGAAAGACTGTGCAGTAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||
 100101 AGGGTGGCCTTACATCAGTAGCTGTCAGAGGTTAAGACTGTGTAGTAATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCACACAGAAGAAAGTACCTGACAAATTATTGGATTCCAGCACAGTGAC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCCCACAGAAGAAAGTACCTGACAAATTATTGGATTCCAGCACAGTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCACTTATTCAAGATAACTGAAAACATTGGTTGTGTGATGACCGGAATGA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100201 TCCCTTATTCAAGATAACTGAAAACATTGGTTGTGTTATGACCGGAATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCTGACAGCAGATCCCAGGTACAGAGGGCACGCTATGAGGCAGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGCTGACAGCAGATCCCAGGTACAGAGGGCACGCTATGAGGCAGCTAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGAAATACAAGTATGGCTATGAGATTCCTGTGGACATGCTGTGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGAAATACAAGTATGGCTATGAAATTCCTGTGGACATGCTGTGTAAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATTGCCGATATTTCTCAGGTCTACACACAGAATGCTGAAATGAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100351 AATTGCCGATATTTCTCAGGTCTACACACGGAATGCTGAAATGAGGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGGTTGTTGTATGATTTTAATTGGTATAGATGAAGAGCAAGGCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGGTTGTTGTATGATTTTAATTGGTATAGATGAAGAGCAAGGCCCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTATATAAGTGTGATCCTGCAGGTTACTACTGTGGGTTTAAAGCCACTGC
        |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
 100451 GTATGTAAGTGTGATCCTGCAGGTTACTATTGTGGGTGTAAAGCCACTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCGGGAGTTAAACAAACTGAGTCAACCAGCTTCCTTGAAAAAAAAGTGA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100501 AGTGGGAGTTAAACAAACTGAGTCAACCAGCTTCCTAGAAAAAAAAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAAGAAATTTGATTGGACATTTGAACAGACAGTGGAAACTGCAATTACA
        ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||
 100551 AGAAGAAATTTGACTGGACATTTGAACAGACTTTGGAAACTGCAATTACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCCTGTCTACTGTTCTATCAATTGATTTCAAACCTTCAGAAATAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCCTGTCTACTGTTCTATCAATTGATTTCAAACCTTCAGAAATAGAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGAGTAGTGACAGTTGAAAATCCTAAATTCAGGATTCTTACAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGAGTAGTGACAGTTGAAAATCCTAAATTCAGGATTCTTACAGAAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .
    701 AGATTGATGCTCACCTTGTTGCTCTAGCAGAGAGAGAC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100701 AGATTGATGCTCATCTTGTTGCTCTAGCAGAGAGAGAC