seq1 = pF1KB6970.tfa, 723 bp
seq2 = pF1KB6970/gi568815597r_109302016.tfa (gi568815597r:109302016_109521928), 219913 bp

>pF1KB6970 723
>gi568815597r:109302016_109521928 (Chr1)

(complement)

1-29  (95599-95627)   100% ->
30-96  (100003-100069)   100% ->
97-223  (106566-106692)   100% ->
224-291  (108794-108861)   100% ->
292-399  (109745-109852)   100% ->
400-458  (109994-110052)   100% ->
459-561  (110816-110918)   100% ->
562-648  (111915-112001)   100% ->
649-723  (119839-119913)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTCTTACCCGGTCTGAGTACGACAG         GGGCGTGAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  95599 ATGTTTCTTACCCGGTCTGAGTACGACAGGTC...TAGGGGCGTGAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTTTCTCCCGAAGGAAGATTATTTCAAGTGGAATATGCCATTGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 TTTTTCTCCCGAAGGAAGATTATTTCAAGTGGAATATGCCATTGAGGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAAG         CTTGGTTCTACAGCCATTGGGATCCAGACATCAGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 TCAAGGTA...TAGCTTGGTTCTACAGCCATTGGGATCCAGACATCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGTGTGTGCCTAGCTGTGGAGAAGAGAATTACTTCCCCACTGATGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106602 GGTGTGTGCCTAGCTGTGGAGAAGAGAATTACTTCCCCACTGATGGAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGCAGCATTGAGAAAATTGTAGAGATTGATGCTCACATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106652 CAGCAGCATTGAGAAAATTGTAGAGATTGATGCTCACATAGGTA...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTTGTGCCATGAGTGGGCTAATTGCTGATGCTAAGACTTTAATTGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108794 GTTGTGCCATGAGTGGGCTAATTGCTGATGCTAAGACTTTAATTGATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCAGAGTGGAGACACAG         AACCACTGGTTCACCTACAATGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108844 GCCAGAGTGGAGACACAGGTA...TAGAACCACTGGTTCACCTACAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GACAATGACAGTGGAGAGTGTGACCCAAGCTGTGTCCAATCTGGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109768 GACAATGACAGTGGAGAGTGTGACCCAAGCTGTGTCCAATCTGGCTTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGTTTGGAGAAGAAGATGCAGATCCAGGTGCCATG         TCTCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109818 AGTTTGGAGAAGAAGATGCAGATCCAGGTGCCATGGTG...TAGTCTCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCCTTTGGAGTAGCATTATTATTTGGAGGAGTTGATGAGAAAGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110000 CCCTTTGGAGTAGCATTATTATTTGGAGGAGTTGATGAGAAAGGACCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCT         GTTTCATATGGACCCATCTGGGACCTTTGTACAGTGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110050 GCTGTA...CAGGTTTCATATGGACCCATCTGGGACCTTTGTACAGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATGCTCGAGCAATTGGCTCTGCTTCAGAGGGTGCCCAGAGCTCCTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110854 ATGCTCGAGCAATTGGCTCTGCTTCAGAGGGTGCCCAGAGCTCCTTGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAAGTTTACCACAAG         TCTATGACTTTGAAAGAAGCCATCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110904 GAAGTTTACCACAAGGTA...AAGTCTATGACTTTGAAAGAAGCCATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTCTTCACTCATCATCCTCAAACAAGTAATGGAGGAGAAGCTGAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111941 GTCTTCACTCATCATCCTCAAACAAGTAATGGAGGAGAAGCTGAATGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAAACATTGAG         CTAGCCACAGTGCAGCCTGGCCAGAATTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111991 CAAACATTGAGGTA...CAGCTAGCCACAGTGCAGCCTGGCCAGAATTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    679 CACATGTTCACAAAGGAAGAACTTGAAGAGGTTATCAAGGACATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119869 CACATGTTCACAAAGGAAGAACTTGAAGAGGTTATCAAGGACATT