seq1 = pF1KB6962.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KB6962/gi568815586f_52997777.tfa (gi568815586f:52997777_53202164), 204388 bp

>pF1KB6962 720
>gi568815586f:52997777_53202164 (Chr12)

1-334  (99942-100275)   100% ->
335-480  (102936-103081)   100% ->
481-600  (103265-103384)   100% ->
601-720  (104269-104388)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCCCCACAGGCTGCTGCCACCGCTGCTGCTGCTGCTAGCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99942 ATGACCCCCCACAGGCTGCTGCCACCGCTGCTGCTGCTGCTAGCTCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGCTGCCAGCCCAGGAGGCGCCTTGGCGCGGTGCCCAGGCTGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99992 GCTCGCTGCCAGCCCAGGAGGCGCCTTGGCGCGGTGCCCAGGCTGCGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGGGTGCAGGCGGGTTGTCCAGGGGGCTGCGTGGAGGAGGAGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100042 AAGGGGTGCAGGCGGGTTGTCCAGGGGGCTGCGTGGAGGAGGAGGATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGTCGCCAGCCGAGGGCTGCGCGGAAGCTGAGGGCTGTCTCAGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100092 GGGTCGCCAGCCGAGGGCTGCGCGGAAGCTGAGGGCTGTCTCAGGAGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGCAGGAGTGCGGGGTCTACACCCCTAACTGCGCCCCAGGACTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100142 GGGGCAGGAGTGCGGGGTCTACACCCCTAACTGCGCCCCAGGACTGCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCATCCGCCCAAGGACGACGAGGCGCCTTTGCGGGCGCTGCTGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100192 GCCATCCGCCCAAGGACGACGAGGCGCCTTTGCGGGCGCTGCTGCTCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGAGGCCGCTGCCTTCCGGCCCGCGCGCCTGCTG         TTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100242 CGAGGCCGCTGCCTTCCGGCCCGCGCGCCTGCTGGTG...CAGTTGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGAATCCTAAGGAGAGTAAACCCCAAGCAGGCACTGCCCGCCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102943 GGAGAATCCTAAGGAGAGTAAACCCCAAGCAGGCACTGCCCGCCCACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGTGAACCGCAGAGACCAACAGAGGAATCCAGGCACCTCTACCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102993 ATGTGAACCGCAGAGACCAACAGAGGAATCCAGGCACCTCTACCACGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCCAGCCCAATTCTGCGGGTGTCCAAGACACTGAGATG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103043 TCCCAGCCCAATTCTGCGGGTGTCCAAGACACTGAGATGGTG...CAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCATGCCGTAGACATCTGGACTCAGTGCTGCAGCAACTCCAGACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103267 CCCATGCCGTAGACATCTGGACTCAGTGCTGCAGCAACTCCAGACTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTACCGAGGGGCTCAAACACTCTACGTGCCCAATTGTGACCATCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103317 TCTACCGAGGGGCTCAAACACTCTACGTGCCCAATTGTGACCATCGAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTCTACCGGAAGCGGCAG         TGCCGCTCCTCCCAGGGGCAGCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103367 TTCTACCGGAAGCGGCAGGTG...CAGTGCCGCTCCTCCCAGGGGCAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCGAGGTCCCTGCTGGTGTGTGGATCGGATGGGCAAGTCCCTGCCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104292 CCGAGGTCCCTGCTGGTGTGTGGATCGGATGGGCAAGTCCCTGCCAGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    674 CTCCAGATGGCAATGGAAGCTCCTCCTGCCCCACTGGGAGTAGCGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104342 CTCCAGATGGCAATGGAAGCTCCTCCTGCCCCACTGGGAGTAGCGGC