seq1 = pF1KB6959.tfa, 639 bp
seq2 = pF1KB6959/gi568815597f_155961401.tfa (gi568815597f:155961401_156170284), 208884 bp

>pF1KB6959 639
>gi568815597f:155961401_156170284 (Chr1)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-239  (104511-104706)   100% ->
240-433  (106870-107063)   100% ->
434-514  (108271-108351)   100% ->
515-639  (108760-108884)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAATGGAACTGAGGAAGATTATAACTTTGTCTTCAAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGGGAATGGAACTGAGGAAGATTATAACTTTGTCTTCAAGGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   TGGTGCTGATCGGCGAATCAGGTGTGGGGAAGACCAATCTACTCTCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104509 AGTGGTGCTGATCGGCGAATCAGGTGTGGGGAAGACCAATCTACTCTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATTCACGCGCAATGAGTTCAGCCACGACAGCCGCACCACCATCGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104559 GATTCACGCGCAATGAGTTCAGCCACGACAGCCGCACCACCATCGGGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTTCTCCACCCGCACTGTGATGTTGGGCACCGCTGCTGTCAAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104609 GAGTTCTCCACCCGCACTGTGATGTTGGGCACCGCTGCTGTCAAGGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATCTGGGACACAGCTGGCCTGGAGCGGTACCGAGCCATCACCTCGGC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104659 GATCTGGGACACAGCTGGCCTGGAGCGGTACCGAGCCATCACCTCGGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        GTACTATCGTGGTGCAGTGGGGGCCCTCCTGGTGTTTGACCTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104709 G...CAGGTACTATCGTGGTGCAGTGGGGGCCCTCCTGGTGTTTGACCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCAAGCACCAGACCTATGCTGTGGTGGAGCGATGGCTGAAGGAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106913 ACCAAGCACCAGACCTATGCTGTGGTGGAGCGATGGCTGAAGGAGCTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCATGCTGAAGCCACGATCGTCGTCATGCTCGTGGGTAACAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106963 TGACCATGCTGAAGCCACGATCGTCGTCATGCTCGTGGGTAACAAAAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCTCAGCCAGGCCCGGGAAGTGCCCACTGAGGAGGCCCGAATGTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107013 ACCTCAGCCAGGCCCGGGAAGTGCCCACTGAGGAGGCCCGAATGTTCGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 G         AAAACAATGGACTGCTCTTCCTGGAGACCTCAGCCCTGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107063 GGTG...CAGAAAACAATGGACTGCTCTTCCTGGAGACCTCAGCCCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCTACCAATGTTGAGCTAGCCTTTGAGACTGTCCTGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108311 CTCTACCAATGTTGAGCTAGCCTTTGAGACTGTCCTGAAAGGTT...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAATCTTTGCGAAGGTGTCCAAGCAGAGACAGAACAGCATCCGGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108760 AAATCTTTGCGAAGGTGTCCAAGCAGAGACAGAACAGCATCCGGACCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCATCACTCTGGGCAGTGCCCAGGCTGGACAGGAGCCTGGCCCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108810 GCCATCACTCTGGGCAGTGCCCAGGCTGGACAGGAGCCTGGCCCTGGGGA

    650     .    :    .    :    .
    615 GAAGAGGGCCTGTTGCATCAGCCTC
        |||||||||||||||||||||||||
 108860 GAAGAGGGCCTGTTGCATCAGCCTC