seq1 = pF1KB6958.tfa, 714 bp
seq2 = pF1KB6958/gi568815578f_59200813.tfa (gi568815578f:59200813_59424456), 223644 bp

>pF1KB6958 714
>gi568815578f:59200813_59424456 (Chr20)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-365  (100598-100910)   100% ->
366-542  (120205-120381)   100% ->
543-588  (121560-121605)   100% ->
589-714  (123519-123644)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGGGGCTGTGGCTCCTTTTCGGGCTCACAGTGACCTCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGGGGCTGTGGCTCCTTTTCGGGCTCACAGTGACCTCCGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GATTCGTGCCTTGCTCCCAGTCTGGGGATGCTGGCAGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTA...CAGGATTCGTGCCTTGCTCCCAGTCTGGGGATGCTGGCAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGGCGTGTCCCAGGCCCCCACTGCAGCCAGATCTGAGGGGGACTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100637 GCGGCGTGTCCCAGGCCCCCACTGCAGCCAGATCTGAGGGGGACTGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGACTGTGGCTGGCCCTGGCGAGGAGACTGTGGCTGGCCCTGGCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100687 GAGACTGTGGCTGGCCCTGGCGAGGAGACTGTGGCTGGCCCTGGCGAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTGTGGCCCCGACAGCACTGCAGGGTCCAAGCCCTGGAAGCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100737 GACTGTGGCCCCGACAGCACTGCAGGGTCCAAGCCCTGGAAGCCCTGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGCAGGCGGCCGAGGGGGCCCCTGAGCACCACCGATCCAGGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100787 AGGAGCAGGCGGCCGAGGGGGCCCCTGAGCACCACCGATCCAGGCGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACGTGCTTCACCTACAAGGACAAGGAGTGTGTCTACTATTGCCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100837 ACGTGCTTCACCTACAAGGACAAGGAGTGTGTCTACTATTGCCACCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCATTTGGATCAACACTCCCGA         ACAGACGGTGCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100887 CATCATTTGGATCAACACTCCCGAGTA...CAGACAGACGGTGCCCTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACTGTCCAACTACAGAGGAAGCTTCCGGGGCAAGAGGTCTGCGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120222 GACTGTCCAACTACAGAGGAAGCTTCCGGGGCAAGAGGTCTGCGGGGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTCCAGGGAATCTGCAGCTCTCACATCGGCCACACTTGCGCTGCGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120272 CTTCCAGGGAATCTGCAGCTCTCACATCGGCCACACTTGCGCTGCGCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGGGGAGATATGACAAGGCCTGCCTGCACTTTTGCACCCAAACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120322 TGTGGGGAGATATGACAAGGCCTGCCTGCACTTTTGCACCCAAACTCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACGTCAGCAG         TAATTCAAGGACGGCAGAAAAAACAGACAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120372 ACGTCAGCAGGTA...CAGTAATTCAAGGACGGCAGAAAAAACAGACAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGAGGAAGGGAAG         GTTGAAGTCAAGGACCAACAAAGCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121591 GAAGAGGAAGGGAAGGTG...CAGGTTGAAGTCAAGGACCAACAAAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGGCTTTAGACCTCCACCATCCAAAGCTCATGCCCGGCAGTGGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123545 GCAGGCTTTAGACCTCCACCATCCAAAGCTCATGCCCGGCAGTGGACTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCTCGCTCCATCTACCTGCCCCCGCTGCCTCTTTCAGGAAGGAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123595 CCCTCGCTCCATCTACCTGCCCCCGCTGCCTCTTTCAGGAAGGAGCCCCT