seq1 = pF1KB6953.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KB6953/gi568815592f_12190630.tfa (gi568815592f:12190630_12396064), 205435 bp

>pF1KB6953 636
>gi568815592f:12190630_12396064 (Chr6)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-233  (101712-101880)   100% ->
234-389  (103312-103467)   99% ->
390-533  (103632-103775)   100% ->
534-636  (105333-105435)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTATTTGCTCATGATTTTCTCTCTGCTGTTTGTGGCTTGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTATTTGCTCATGATTTTCTCTCTGCTGTTTGTGGCTTGCCAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTCCAGAAACAG         CAGTCTTAGGCGCTGAGCTCAGCGCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTCCAGAAACAGGTA...CAGCAGTCTTAGGCGCTGAGCTCAGCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGGTGAGAACGGCGGGGAGAAACCCACTCCCAGTCCACCCTGGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101739 TGGGTGAGAACGGCGGGGAGAAACCCACTCCCAGTCCACCCTGGCGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCGGTCCAAGCGCTGCTCCTGCTCGTCCCTGATGGATAAAGAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101789 CGCCGGTCCAAGCGCTGCTCCTGCTCGTCCCTGATGGATAAAGAGTGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACTTCTGCCACCTGGACATCATTTGGGTCAACACTCCCGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101839 CTACTTCTGCCACCTGGACATCATTTGGGTCAACACTCCCGAGTA...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GCACGTTGTTCCGTATGGACTTGGAAGCCCTAGGTCCAAGAGAGCCTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103311 GGCACGTTGTTCCGTATGGACTTGGAAGCCCTAGGTCCAAGAGAGCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAATTTACTTCCCACAAAGGCAACAGACCGTGAGAATAGATGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 103361 GAGAATTTACTTCCCACAAAGGCAACAGACCGTGAAAATAGATGCCAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTAGCCAAAAAGACAAGAAGTGCTGGAATTTTTGCCAAGCAGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103411 TGCTAGCCAAAAAGACAAGAAGTGCTGGAATTTTTGCCAAGCAGGAAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTCAG         GGCTGAAGACATTATGGAGAAAGACTGGAATAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103461 AACTCAGGTG...CAGGGCTGAAGACATTATGGAGAAAGACTGGAATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATAAGAAAGGAAAAGACTGTTCCAAGCTTGGGAAAAAGTGTATTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103666 CATAAGAAAGGAAAAGACTGTTCCAAGCTTGGGAAAAAGTGTATTTATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGTTAGTGAGAGGAAGAAAAATCAGAAGAAGTTCAGAGGAACACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103716 GCAGTTAGTGAGAGGAAGAAAAATCAGAAGAAGTTCAGAGGAACACCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GACAAACCAG         GTCGGAGACCATGAGAAACAGCGTCAAATCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103766 GACAAACCAGGTA...TAGGTCGGAGACCATGAGAAACAGCGTCAAATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTTTTCATGATCCCAAGCTGAAAGGCAAGCCCTCCAGAGAGCGTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105364 TCTTTTCATGATCCCAAGCTGAAAGGCAAGCCCTCCAGAGAGCGTTATGT

    650     .    :    .    :
    615 GACCCACAACCGAGCACATTGG
        ||||||||||||||||||||||
 105414 GACCCACAACCGAGCACATTGG