seq1 = pF1KB6952.tfa, 705 bp
seq2 = pF1KB6952/gi568815597f_192058638.tfa (gi568815597f:192058638_192284551), 225914 bp

>pF1KB6952 705
>gi568815597f:192058638_192284551 (Chr1)

1-119  (100001-100119)   100% ->
120-221  (100583-100684)   100% ->
222-283  (101741-101802)   100% ->
284-450  (122655-122821)   100% ->
451-705  (125660-125914)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACAACATTGCTTTTCTTTTCTCAAATAAATATGTGTGAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACAACATTGCTTTTCTTTTCTCAAATAAATATGTGTGAATCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAAAAACTTTTTTCAAGTTAATACATGGTTCAGGAAAAGAAGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAAAAACTTTTTTCAAGTTAATACATGGTTCAGGAAAAGAAGAAACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAAGAAGCCAAAATCAG         AGCTAAGGAAAAAAGAAATAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAAGAAGCCAAAATCAGGTA...CAGAGCTAAGGAAAAAAGAAATAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAAGTCTTCTTGTGCAGAAACCTGAGTTTCATGAAGACACCCGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100605 CTAAGTCTTCTTGTGCAGAAACCTGAGTTTCATGAAGACACCCGCTCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGATCTGGGCACTTGGCCAAAGAAACAAG         AGTCTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100655 TAGATCTGGGCACTTGGCCAAAGAAACAAGGTG...CAGAGTCTCCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAGGCAGTGAAATGGGGTGAATCATTTGACAAACTGCTTTCCCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101752 AAGAGGCAGTGAAATGGGGTGAATCATTTGACAAACTGCTTTCCCATAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 G         ATGGACTAGAGGCTTTTACCAGATTTCTTAAAACTGAATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101802 GGTT...TAGATGGACTAGAGGCTTTTACCAGATTTCTTAAAACTGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTGAAGAAAATATTGAATTTTGGATAGCCTGTGAAGATTTCAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122695 CAGTGAAGAAAATATTGAATTTTGGATAGCCTGTGAAGATTTCAAGAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAGGGACCTCAACAAATTCACCTTAAAGCAAAAGCAATATATGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122745 GCAAGGGACCTCAACAAATTCACCTTAAAGCAAAAGCAATATATGAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTATACAGACTGATGCCCCAAAAGAG         GTTAACCTTGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122795 TTTATACAGACTGATGCCCCAAAAGAGGTA...CAGGTTAACCTTGATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCACACAAAAGAAGTCATTACAAACAGCATCACTCAACCTACCCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125674 TCACACAAAAGAAGTCATTACAAACAGCATCACTCAACCTACCCTCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTTTTGATGCTGCACAAAGCAGAGTGTATCAGCTCATGGAACAAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125724 GTTTTGATGCTGCACAAAGCAGAGTGTATCAGCTCATGGAACAAGACAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATACACGTTTTCTGAAATCTGACATCTATTTAGACTTGATGGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125774 TATACACGTTTTCTGAAATCTGACATCTATTTAGACTTGATGGAAGGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCTCAGAGACCAACAAATCTTAGGAGACGATCACGCTCATTTACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125824 ACCTCAGAGACCAACAAATCTTAGGAGACGATCACGCTCATTTACCTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGAATTCCAAGATGTACAATCAGATGTTGCCATTTGGTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125874 ATGAATTCCAAGATGTACAATCAGATGTTGCCATTTGGTTA