seq1 = pF1KB6947.tfa, 633 bp
seq2 = pF1KB6947/gi568815597f_192709072.tfa (gi568815597f:192709072_192911593), 202522 bp

>pF1KB6947 633
>gi568815597f:192709072_192911593 (Chr1)

1-110  (100001-100110)   100% ->
111-212  (101095-101196)   100% ->
213-274  (101299-101360)   100% ->
275-441  (101910-102076)   100% ->
442-633  (102331-102522)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAAGTGCTATGTTCTTGGCTGTTCAACACGACTGCAGACCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAAGTGCTATGTTCTTGGCTGTTCAACACGACTGCAGACCCATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAGCGCAGGCAGTGGCCACAAGAGCGAGGAGAAGCGAGAAAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAGCGCAGGCAGTGGCCACAAGAGCGAGGAGAAGCGAGAAAAGATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACGGACCCT         TTTAAAAGATTGGAAGACCCGTTTGAGCTAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACGGACCCTGTG...TAGTTTAAAAGATTGGAAGACCCGTTTGAGCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCTTACAAAATTCCTCTACTCCTGGGAAGCCCAAAACCGGCAAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101126 TTCTTACAAAATTCCTCTACTCCTGGGAAGCCCAAAACCGGCAAAAAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAACAGCAAGCTTTCATCAA         GCCTTCTCCTGAGGAAGCAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101176 CAAACAGCAAGCTTTCATCAAGTA...CAGGCCTTCTCCTGAGGAAGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTGTGGTCAGAAGCATTTGACGAGCTGCTAGCCAGCAAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101319 AGCTGTGGTCAGAAGCATTTGACGAGCTGCTAGCCAGCAAATGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  ATGGTCTTGCTGCATTCAGGGCTTTTTTAAAGTCGGAATTCTGTGAAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101909 GATGGTCTTGCTGCATTCAGGGCTTTTTTAAAGTCGGAATTCTGTGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATATTGAATTCTGGCTGGCCTGTGAAGACTTCAAAAAAACCAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101959 AAATATTGAATTCTGGCTGGCCTGTGAAGACTTCAAAAAAACCAAATCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCAAAAGCTGTCCTCAAAAGCAAGGAAAATATATACTGACTTCATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102009 CCCAAAAGCTGTCCTCAAAAGCAAGGAAAATATATACTGACTTCATAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGAAGCTCCAAAAGAG         ATAAACATAGATTTTCAAACCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102059 AAGGAAGCTCCAAAAGAGGTA...CAGATAAACATAGATTTTCAAACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACTCTGATTGCCCAGAATATACAAGAAGCTACAAGTGGCTGCTTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102354 AACTCTGATTGCCCAGAATATACAAGAAGCTACAAGTGGCTGCTTTACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGCCCAGAAAAGGGTATACAGCTTGATGGAGAACAACTCTTATCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102404 CTGCCCAGAAAAGGGTATACAGCTTGATGGAGAACAACTCTTATCCTCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCTTGGAGTCAGAATTCTACCAGGACTTGTGTAAAAAGCCACAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102454 TTCTTGGAGTCAGAATTCTACCAGGACTTGTGTAAAAAGCCACAAATCAC

    650     .    :    .
    615 CACAGAGCCTCATGCTACA
        |||||||||||||||||||
 102504 CACAGAGCCTCATGCTACA