seq1 = pF1KB6941.tfa, 627 bp
seq2 = pF1KB6941/gi568815592f_24677247.tfa (gi568815592f:24677247_24885796), 208550 bp

>pF1KB6941 627
>gi568815592f:24677247_24885796 (Chr6)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-129  (103417-103494)   100% ->
130-274  (104231-104375)   100% ->
275-357  (106841-106923)   100% ->
358-468  (107198-107308)   100% ->
469-627  (108392-108550)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCCAGTATGAAGCAGAAACAAGAAGAAATCAAAGAGAATATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCCAGTATGAAGCAGAAACAAGAAGAAATCAAAGAGAATATAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         AATAGTTCTGTCCCAAGAAGAACTCTGAAGATGATTCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...TAGAATAGTTCTGTCCCAAGAAGAACTCTGAAGATGATTCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCTGCATCTGGATCTCTTGTTGGAAGAGAAAATGAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103457 CTTCTGCATCTGGATCTCTTGTTGGAAGAGAAAATGAGGTA...TAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCGCAGGCTTGTCCAAAAGGAAACATCGGAATGACCACTTAACATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104234 TCCGCAGGCTTGTCCAAAAGGAAACATCGGAATGACCACTTAACATCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACTTCCAGCCCTGGGGTTATTGTCCCAGAATCTAGTGAAAATAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104284 AACTTCCAGCCCTGGGGTTATTGTCCCAGAATCTAGTGAAAATAAAAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGAGGAGTCACCCAGGAGTCATTTGATCTTATGATTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104334 TTGGAGGAGTCACCCAGGAGTCATTTGATCTTATGATTAAAGGTA...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  AAAATCCATCCTCTCAGTATTGGAAGGAAGTGGCAGAAAAACGGAGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106840 GAAAATCCATCCTCTCAGTATTGGAAGGAAGTGGCAGAAAAACGGAGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCGCTGTATGAAGCACTTAAGGAAAATGAGAAA         CTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106890 GGCGCTGTATGAAGCACTTAAGGAAAATGAGAAAGTA...CAGCTTCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGAAATTGAACAAAAGGACAATGAAATTGCCCGCCTGAAAAAGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107205 AAGAAATTGAACAAAAGGACAATGAAATTGCCCGCCTGAAAAAGGAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAGAACTGGCAGAAGTAGCAGAACATGTACAGTATATGGCAGAGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107255 AAAGAACTGGCAGAAGTAGCAGAACATGTACAGTATATGGCAGAGCTAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAG         AGACTGAATGGTGAACCTCTGGATAATTTTGAATCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107305 AGAGGTA...AAGAGACTGAATGGTGAACCTCTGGATAATTTTGAATCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGATAATCAGGAATTTGATTCTGAAGAAGAAACTGTTGAGGATTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108429 TGGATAATCAGGAATTTGATTCTGAAGAAGAAACTGTTGAGGATTCTCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGAAGACTCAGAAATTGGCACGTGTGCTGAAGGAACTGTATCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108479 GTGGAAGACTCAGAAATTGGCACGTGTGCTGAAGGAACTGTATCTTCCTC

    650     .    :    .    :
    606 TACGGATGCAAAGCCATGTATA
        ||||||||||||||||||||||
 108529 TACGGATGCAAAGCCATGTATA