seq1 = pF1KB6940.tfa, 687 bp
seq2 = pF1KB6940/gi568815587f_117052448.tfa (gi568815587f:117052448_117267696), 215249 bp

>pF1KB6940 687
>gi568815587f:117052448_117267696 (Chr11)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-171  (107487-107576)   100% ->
172-288  (108698-108814)   100% ->
289-411  (111323-111445)   100% ->
412-687  (114974-115249)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCAAGGAGACTCAAACCCAGCAGCTATTCCGCATGCAGCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCAAGGAGACTCAAACCCAGCAGCTATTCCGCATGCAGCAGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATTCAAGGAGATGACCGATGGATGTCTCAG         CACAACAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 TATTCAAGGAGATGACCGATGGATGTCTCAGGTA...CAGCACAACAGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTTTTGGACTGTAAAGACAAAGAGCCTGATGTACTGTTCGTGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107497 TTGTTTTGGACTGTAAAGACAAAGAGCCTGATGTACTGTTCGTGGGAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCATGGTGCAGTTAATGCAGCAATATGAG         ATATGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107547 TCCATGGTGCAGTTAATGCAGCAATATGAGGTA...TAGATATGGCGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTTTTTTCCCCACTTCATGCACTGAATTTTGGAATTGGGGGAGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108709 GCTTTTTTCCCCACTTCATGCACTGAATTTTGGAATTGGGGGAGATACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAGACATGTTTTGTGGAGACTAAAGAATGGAGAACTGGAGAATATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108759 CAAGACATGTTTTGTGGAGACTAAAGAATGGAGAACTGGAGAATATTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTAAG         GTCATTGTTGTCTGGGTAGGAACAAATAACCACGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108809 CCTAAGGTG...CAGGTCATTGTTGTCTGGGTAGGAACAAATAACCACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATACAGCAGAAGAAGTAGCAGGTGGGATCGAGGCCATTGTACAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111358 AAATACAGCAGAAGAAGTAGCAGGTGGGATCGAGGCCATTGTACAACTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAACACAAGGCAGCCACAGGCCAAAATCATTGTATTG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111408 TCAACACAAGGCAGCCACAGGCCAAAATCATTGTATTGGTA...CAGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGTTACCTCGAGGTGAGAAACCCAATCCTTTGAGGCAAAAGAACGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114977 TTGTTACCTCGAGGTGAGAAACCCAATCCTTTGAGGCAAAAGAACGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTGAACCAACTCCTCAAGGTTTCGCTGCCGAAGCTTGCCAACGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115027 GGTGAACCAACTCCTCAAGGTTTCGCTGCCGAAGCTTGCCAACGTGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTGGATACCGACGGGGGTTTTGTGCACTCGGACGGTGCCATCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115077 TCCTGGATACCGACGGGGGTTTTGTGCACTCGGACGGTGCCATCTCCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACGACATGTTTGATTTTCTGCATCTGACAGGAGGGGGCTATGCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115127 CACGACATGTTTGATTTTCTGCATCTGACAGGAGGGGGCTATGCAAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGCAAACCCCTGCATGAACTGATCATGCAGTTGTTGGAGGAAACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115177 CTGCAAACCCCTGCATGAACTGATCATGCAGTTGTTGGAGGAAACACCTG

    700     .    :    .    :
    665 AGGAGAAACAAACCACCATTGCC
        |||||||||||||||||||||||
 115227 AGGAGAAACAAACCACCATTGCC