seq1 = pF1KB6939.tfa, 624 bp
seq2 = pF1KB6939/gi568815584f_105374863.tfa (gi568815584f:105374863_105579650), 204788 bp

>pF1KB6939 624
>gi568815584f:105374863_105579650 (Chr14)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-138  (103404-103498)   100% ->
139-196  (103588-103645)   100% ->
197-337  (103869-104009)   100% ->
338-406  (104117-104185)   100% ->
407-501  (104263-104357)   100% ->
502-559  (104574-104631)   100% ->
560-624  (104724-104788)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCAAATGCCCCAAGTGCGACAAGACCGTGTACTTCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGCCTCCAAATGCCCCAAGTGCGACAAGACCGTGTACTTCGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   CCGAGAAGGTGAGCTCCCTGGGGAAGGACTGGCACAAGTTCTGCCTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103402 AGCCGAGAAGGTGAGCTCCCTGGGGAAGGACTGGCACAAGTTCTGCCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTGCGAGCGCTGCAGCAAGACGCTGACGCCCGGGGGCCACGCCGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103452 AGTGCGAGCGCTGCAGCAAGACGCTGACGCCCGGGGGCCACGCCGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       CATGACGGGAAGCCGTTCTGCCACAAGCCGTGCTACGCCACCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103502 ...CAGCATGACGGGAAGCCGTTCTGCCACAAGCCGTGCTACGCCACCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTCGGACCCAAAG         GCGTGAACATCGGGGGCGCGGGCTCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103632 GTTCGGACCCAAAGGTG...CAGGCGTGAACATCGGGGGCGCGGGCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACATCTACGAGAAGCCCCTGGCGGAGGGGCCGCAGGTCACCGGCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103896 ACATCTACGAGAAGCCCCTGGCGGAGGGGCCGCAGGTCACCGGCCCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGGTCCCCGCGGCCCGAGCAGAGGAGCGGAAGGCGAGCGGCCCCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103946 GAGGTCCCCGCGGCCCGAGCAGAGGAGCGGAAGGCGAGCGGCCCCCCGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGGCCCAGCAGAG         CCTCCAGTGTCACCACTTTCACCGGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103996 GGGGCCCAGCAGAGGTG...CAGCCTCCAGTGTCACCACTTTCACCGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCCCAACACGTGCCCGCGCTGCAGCAAGAAGGTGTACTTCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104144 AGCCCAACACGTGCCCGCGCTGCAGCAAGAAGGTGTACTTCGGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    407  CTGAGAAGGTGACGTCTCTGGGCAAGGATTGGCACCGGCCCTGCCTGCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104262 GCTGAGAAGGTGACGTCTCTGGGCAAGGATTGGCACCGGCCCTGCCTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTGCGAGCGCTGCGGGAAGACACTGACCCCCGGCGGGCACGCGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104312 CTGCGAGCGCTGCGGGAAGACACTGACCCCCGGCGGGCACGCGGAGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      CACGACGGCCAGCCCTACTGCCACAAGCCCTGCTATGGAATCCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104362 ..CAGCACGACGGCCAGCCCTACTGCCACAAGCCCTGCTATGGAATCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTCGGACCCAAGG         GAGTGAACACCGGTGCGGTGGGCAGCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104619 TTCGGACCCAAGGGTG...CAGGAGTGAACACCGGTGCGGTGGGCAGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .
    588 CATCTATGACCGGGACCCCGAAGGCAAGGTCCAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104752 CATCTATGACCGGGACCCCGAAGGCAAGGTCCAGCCC