seq1 = pF1KB6934.tfa, 657 bp
seq2 = pF1KB6934/gi568815590f_26283131.tfa (gi568815590f:26283131_26510409), 227279 bp

>pF1KB6934 657
>gi568815590f:26283131_26510409 (Chr8)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-284  (108113-108296)   100% ->
285-357  (112100-112172)   100% ->
358-461  (124870-124973)   100% ->
462-611  (125097-125246)   100% ->
612-657  (127234-127279)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCCCACCTAGTCGAGCCGCCGCCGCCCCTGCACAACAACAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCCCACCTAGTCGAGCCGCCGCCGCCCCTGCACAACAACAACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACTGCGAGGAAAATGAGCAGTCTCTGCCCCCGCCGGCCGGCCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACTGCGAGGAAAATGAGCAGTCTCTGCCCCCGCCGGCCGGCCTCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GTTCCTGGGTGGAGCTACCCATGAACAGCAGCAATGGCAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...CAGGTTCCTGGGTGGAGCTACCCATGAACAGCAGCAATGGCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAATGGCAATGGGAAAAATGGGGGGCTGGAACACGTACCATCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108154 GATAATGGCAATGGGAAAAATGGGGGGCTGGAACACGTACCATCCTCATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCATCCACAATGGAGACATGGAGAAGATTCTTTTGGATGCACAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108204 CTCCATCCACAATGGAGACATGGAGAAGATTCTTTTGGATGCACAACATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATCAGGACAGAGTAGTTCCAGAGGCAGTTCTCACTGTGACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108254 AATCAGGACAGAGTAGTTCCAGAGGCAGTTCTCACTGTGACAGGTA...T

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   CCCTTCGCCACAAGAAGATGGGCAGATCATGTTTGATGTGGAAATGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112098 AGCCCTTCGCCACAAGAAGATGGGCAGATCATGTTTGATGTGGAAATGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCAGCAGGGACCATAGCTCTCAG         TCAGAAGAAGAAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112148 CACCAGCAGGGACCATAGCTCTCAGGTG...CAGTCAGAAGAAGAAGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGAAGGAGAGAAGGAAGTCGAGGCTTTGAAGAAAAGTGCGGACTGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124886 TAGAAGGAGAGAAGGAAGTCGAGGCTTTGAAGAAAAGTGCGGACTGGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAGACTGGTCCAGTAGACCCGAAAACATTCCACCCAA         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124936 TCAGACTGGTCCAGTAGACCCGAAAACATTCCACCCAAGTG...CAGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTCCACTTCAGACACCCTAAACGTTCTGTGTCTTTAAGCATGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125100 GTTCCACTTCAGACACCCTAAACGTTCTGTGTCTTTAAGCATGAGGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGGAGCCATGAAGAAAGGGGGTATTTTCTCCGCAGAATTTCTGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125150 GTGGAGCCATGAAGAAAGGGGGTATTTTCTCCGCAGAATTTCTGAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCATTCCATCTCTCTTCCTTTCTCATGTTTTGGCTTTGGGGCTAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 125200 TTCATTCCATCTCTCTTCCTTTCTCATGTTTTGGCTTTGGGGCTAGGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612       CATCTATATTGGAAAGCGACTGAGCACACCCTCTGCCAGCACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125250 ...CAGCATCTATATTGGAAAGCGACTGAGCACACCCTCTGCCAGCACCT

    700 
    656 AC
        ||
 127278 AC