seq1 = pF1KB6930.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KB6930/gi568815597f_47233946.tfa (gi568815597f:47233946_47476742), 242797 bp

>pF1KB6930 684
>gi568815597f:47233946_47476742 (Chr1)

1-171  (100001-100171)   99% ->
172-318  (134524-134670)   100% ->
319-471  (139010-139162)   100% ->
472-548  (140964-141040)   100% ->
549-645  (141252-141348)   100% ->
646-684  (142759-142797)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGCCGCTGCCGCAGCCGGCTGCTCCACGTCCTGGGCCTTAGCTT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGCCGCTGCCGCAGCGGGCTGCTCCACGTCCTGGGCCTTAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGCAGACCCGCCGGCCGATTCTCCTCTGCTCTCCACGTCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGCAGACCCGCCGGCCGATTCTCCTCTGCTCTCCACGTCTCATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGCTGGTCGTGTTCGTCCTCGGCGGCCCCGGCGCCGGCAAGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCGCTGGTCGTGTTCGTCCTCGGCGGCCCCGGCGCCGGCAAGGGGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTGCGCCCGCATCGTCGAG         AAATATGGCTACACACACCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 CAGTGCGCCCGCATCGTCGAGGTG...CAGAAATATGGCTACACACACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCTGCAGGAGAGCTGCTTCGTGATGAAAGGAAGAACCCAGATTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134544 TTCTGCAGGAGAGCTGCTTCGTGATGAAAGGAAGAACCCAGATTCACAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGTGAACTTATTGAAAAGTACATTAAAGAAGGAAAGATTGTACCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134594 ATGGTGAACTTATTGAAAAGTACATTAAAGAAGGAAAGATTGTACCAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGATAACCATCAGTTTATTAAAGAGG         GAAATGGATCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 134644 GAGATAACCATCAGTTTATTAAAGAGGGTA...TAGGAAATGGATCAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATGGCTGCCAATGCTCAGAAGAATAAATTCTTGATTGATGGGTTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139024 AATGGCTGCCAATGCTCAGAAGAATAAATTCTTGATTGATGGGTTTCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAAATCAAGACAACCTTCAAGGATGGAACAAGACCATGGATGGGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139074 GAAATCAAGACAACCTTCAAGGATGGAACAAGACCATGGATGGGAAGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGTATCTTTCGTTCTCTTTTTTGACTGTAATAATGAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139124 GATGTATCTTTCGTTCTCTTTTTTGACTGTAATAATGAGGTA...TAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGTATTGAACGATGTCTTGAGAGGGGAAAGAGTAGTGGTAGGAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140966 TTGTATTGAACGATGTCTTGAGAGGGGAAAGAGTAGTGGTAGGAGTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAACAGAGAGAGCTTGGAAAAGAG         AATTCAGACCTACCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 141016 ACAACAGAGAGAGCTTGGAAAAGAGGTA...CAGAATTCAGACCTACCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGTCAACAAAGCCAATTATTGACTTATATGAAGAAATGGGGAAAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141268 CAGTCAACAAAGCCAATTATTGACTTATATGAAGAAATGGGGAAAGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAAATAGATGCTTCTAAATCTGTTGATGAA         GTTTTTGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 141318 GAAAATAGATGCTTCTAAATCTGTTGATGAAGTA...CAGGTTTTTGATG

    700     .    :    .    :    .
    656 AAGTTGTGCAGATTTTTGACAAGGAAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 142769 AAGTTGTGCAGATTTTTGACAAGGAAGGC