seq1 = pF1KB6916.tfa, 675 bp
seq2 = pF1KB6916/gi568815597r_114468133.tfa (gi568815597r:114468133_114681591), 213459 bp

>pF1KB6916 675
>gi568815597r:114468133_114681591 (Chr1)

(complement)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-186  (100201-100293)   100% ->
187-257  (104834-104904)   100% ->
258-419  (105841-106002)   100% ->
420-470  (110842-110892)   100% ->
471-551  (111520-111600)   100% ->
552-675  (113336-113459)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCACAGGTTTGGTGGCTGGAGAGGTTGTGGTGGATGCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCACAGGTTTGGTGGCTGGAGAGGTTGTGGTGGATGCGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATTTTGATCAAGGTTATGAAGCCCCTGGTGTGCGGGAAGCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GTATTTTGATCAAGGTTATGAAGCCCCTGGTGTGCGGGAAGCGGTG...T

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GCTGCAGCGCTGGTGGAGGAGGAAACTCGCAGATACCGACCTACTAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 AGGCTGCAGCGCTGGTGGAGGAGGAAACTCGCAGATACCGACCTACTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTACCTGAGCTACCTGACAGCCCCGGATTATTCTGCCTTTGAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100249 AACTACCTGAGCTACCTGACAGCCCCGGATTATTCTGCCTTTGAAGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     ACTGACATAATGAGAAATGAATTTGAAAGACTGGCTGCTCGACAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 .CAGACTGACATAATGAGAAATGAATTTGAAAGACTGGCTGCTCGACAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAATTGAATTGCTCAGTATGAAACG         ATATGAGCTTCCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104880 CAATTGAATTGCTCAGTATGAAACGGTA...CAGATATGAGCTTCCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCCTCCTCTGGTCAAAAAAATGACATTACTGCATGGCAAGAATGTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105857 CCCTCCTCTGGTCAAAAAAATGACATTACTGCATGGCAAGAATGTGTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAATTCTATGGCCCAGTTAGAGCATCAAGCAGTTAGAATTGAGAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105907 CAATTCTATGGCCCAGTTAGAGCATCAAGCAGTTAGAATTGAGAATCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACTAATGTCACAGCATGGATGTAATGCCTGGAAAGTATACAATGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105957 AACTAATGTCACAGCATGGATGTAATGCCTGGAAAGTATACAATGAGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420      AAATCTAGTTCATATGATTGAACACGCACAGAAGGAACTTCAGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106007 ..CAGAAATCTAGTTCATATGATTGAACACGCACAGAAGGAACTTCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTAAG         AAAACATATTCAAGATTTAAACTGGCAGAGAAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110887 GTTAAGGTA...CAGAAAACATATTCAAGATTTAAACTGGCAGAGAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACATGCAACTCACAGCTGGATCTAAATTGAGAGAAATGGAGTCAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111555 ACATGCAACTCACAGCTGGATCTAAATTGAGAGAAATGGAGTCAAAGTG.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552      TTGGGTATCCCTGGTCAGTAAGAATTATGAGATTGAACGGACTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111605 ..TAGTTGGGTATCCCTGGTCAGTAAGAATTATGAGATTGAACGGACTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTTCAGCTAGAAAATGAAATCTATCAAATTAAGCAGCAACATGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113381 TGTTCAGCTAGAAAATGAAATCTATCAAATTAAGCAGCAACATGGAGAGG

    700     .    :    .    :    .
    647 CAAACAAAGAAAACATCCGGCAAGACTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 113431 CAAACAAAGAAAACATCCGGCAAGACTTC