seq1 = pF1KB6914.tfa, 675 bp
seq2 = pF1KB6914/gi568815596f_197416087.tfa (gi568815596f:197416087_197650643), 234557 bp

>pF1KB6914 675
>gi568815596f:197416087_197650643 (Chr2)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-123  (107538-107600)   100% ->
124-224  (119444-119544)   100% ->
225-267  (124025-124067)   100% ->
268-354  (124265-124351)   100% ->
355-434  (132250-132329)   100% ->
435-546  (134189-134300)   100% ->
547-675  (134429-134557)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCATGGCGGAGGGGACGGCAGTGCTGAGGCGGAACAGGCCGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCATGGCGGAGGGGACGGCAGTGCTGAGGCGGAACAGGCCGGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGCGCAG         GATTTCTATAATTGGCCTGATGAATCCTTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGCGCAGGTA...TAGGATTTCTATAATTGGCCTGATGAATCCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAAATGGACAGTACACTAGCTGTTCAACAG         TATATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107569 ATGAAATGGACAGTACACTAGCTGTTCAACAGGTA...TAGTATATTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGAACATAAGAGCAGATTGCTCCAATATTGACAAAATTCTTGAACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119453 CAGAACATAAGAGCAGATTGCTCCAATATTGACAAAATTCTTGAACCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAAGGCCAAGATGAAGGTGTGTGGAAGTATGAACATTTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119503 TGAAGGCCAAGATGAAGGTGTGTGGAAGTATGAACATTTAAGGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225  GCAGTTCTGCCTTGAGCTAAATGGACTTGCTGTCAAACTTCAG      
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124024 GGCAGTTCTGCCTTGAGCTAAATGGACTTGCTGTCAAACTTCAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    AGTGAATGCCATCCAGATACTTGCACTCAAATGACAGCAACTGAACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124262 CAGAGTGAATGCCATCCAGATACTTGCACTCAAATGACAGCAACTGAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ATGGATTTTTCTTTGTGCAGCTCATAAAACTCCAAAAGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124312 ATGGATTTTTCTTTGTGCAGCTCATAAAACTCCAAAAGAGGTG...TAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GTCCTGCTATAGACTATACTAGACACACACTTGATGGTGCTGCATGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132251 GTCCTGCTATAGACTATACTAGACACACACTTGATGGTGCTGCATGTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTGAATAGCAATAAATATTTTCCCAGCAG         GGTTAGCATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 132301 CTGAATAGCAATAAATATTTTCCCAGCAGGTA...TAGGGTTAGCATAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GGAATCATCTGTAGCGAAACTAGGATCAGTATGCCGTAGGATTTACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134201 GGAATCATCTGTAGCGAAACTAGGATCAGTATGCCGTAGGATTTACAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TATTTTCACATGCTTATTTTCATCATCGGCAGATATTTGATGAATATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134251 TATTTTCACATGCTTATTTTCATCATCGGCAGATATTTGATGAATATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547          AATGAAACATTTTTGTGTCATCGGTTTACTAAGTTTGTGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134301 GTA...CAGAATGAAACATTTTTGTGTCATCGGTTTACTAAGTTTGTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GAAATACAATTTGATGTCCAAGGATAACCTGATTGTACCAATTTTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134470 GAAATACAATTTGATGTCCAAGGATAACCTGATTGTACCAATTTTAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .
    638 AGGAAGTACAGAATTCAGTTTCTGGGGAAAGTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134520 AGGAAGTACAGAATTCAGTTTCTGGGGAAAGTGAAGCA