seq1 = pF1KB6913.tfa, 615 bp
seq2 = pF1KB6913/gi568815597f_162969485.tfa (gi568815597f:162969485_163174557), 205073 bp

>pF1KB6913 615
>gi568815597f:162969485_163174557 (Chr1)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-149  (102911-103015)   100% ->
150-211  (103321-103382)   100% ->
212-378  (103972-104138)   100% ->
379-615  (104837-105073)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCAAAGGGCTTGCAGGTCTGCCGGCTTCTTGCTTGAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGTGCAAAGGGCTTGCAGGTCTGCCGGCTTCTTGCTTGAGGAGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    TGCAAAAGATATGAAACATCGGCTAGGTTTCCTGCTGCAAAAATCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102908 CAGTGCAAAAGATATGAAACATCGGCTAGGTTTCCTGCTGCAAAAATCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTCCTGTGAACACAATTCTTCCCACAACAAGAAGGACAAAGTGGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 ATTCCTGTGAACACAATTCTTCCCACAACAAGAAGGACAAAGTGGTTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCCAGAG         AGTGAGCCAAGAGGAAGTCAAGAAATGGGCTGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103008 TGCCAGAGGTA...TAGAGTGAGCCAAGAGGAAGTCAAGAAATGGGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATCACTGGAAAACCTGATTAGTCATGAAT         GTGGGCTGGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103354 ATCACTGGAAAACCTGATTAGTCATGAATGTA...TAGGTGGGCTGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTTTCAAAGCTTTCTTGAAGTCTGAATATAGTGAGGAGAATATTGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103984 CTTTCAAAGCTTTCTTGAAGTCTGAATATAGTGAGGAGAATATTGACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGATCAGCTGTGAAGAGTACAAGAAAATCAAATCACCATCTAAACTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104034 TGGATCAGCTGTGAAGAGTACAAGAAAATCAAATCACCATCTAAACTAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCCAAGGCCAAAAAGATCTATAATGAATTCATCTCAGTCCAGGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104084 TCCCAAGGCCAAAAAGATCTATAATGAATTCATCTCAGTCCAGGCAACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAG         GTGAACCTGGATTCTTGCACCAGGGAAGAGACAAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104134 AAGAGGTA...CAGGTGAACCTGGATTCTTGCACCAGGGAAGAGACAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGGAACATGCTAGAGCCTACAATAACCTGCTTTGATGAGGCCCAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104873 CGGAACATGCTAGAGCCTACAATAACCTGCTTTGATGAGGCCCAGAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATTTTCAACCTGATGGAGAAGGATTCCTACCGCCGCTTCCTCAAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104923 GATTTTCAACCTGATGGAGAAGGATTCCTACCGCCGCTTCCTCAAGTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GATTCTATCTTGATTTGGTCAACCCGTCCAGCTGTGGGGCAGAAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104973 GATTCTATCTTGATTTGGTCAACCCGTCCAGCTGTGGGGCAGAAAAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAGGAGCCAAGAGTTCAGCAGACTGTGCTTCCCTGGTCCCTCAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105023 AAAGGAGCCAAGAGTTCAGCAGACTGTGCTTCCCTGGTCCCTCAGTGTGC

    650 
    615 C
        |
 105073 C