seq1 = pF1KB6911.tfa, 615 bp
seq2 = pF1KB6911/gi568815581f_38653149.tfa (gi568815581f:38653149_38864164), 211016 bp

>pF1KB6911 615
>gi568815581f:38653149_38864164 (Chr17)

1-188  (100000-100186)   99% ->
189-296  (102735-102842)   100% ->
297-474  (107283-107460)   100% ->
475-569  (109263-109357)   100% ->
570-615  (110971-111016)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTATTATGTCCTATAACGGAGGGGCCGTCATGGCCATGAAGGGGAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTCTATTATGTCCTATAACGGAGGGGCCGTCATGGCCATGAAGGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACTGTGTGGCCATCGCTGCAGACAGGCGCTTCGGGATCCAGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GAACTGTGTGGCCATCGCTGCAGACAGGCGCTTCGGGATCCAGGCCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGACCACGGACTTCCAGAAGATCTTTCCCATGGGTGACCGGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGGTGACCACGGACTTCCAGAAGATCTTTCCCATGGGTGACCGGCTGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGGTCTGGCCGGGCTCGCCACTGACGTCCAGACAGT         TGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100149 ATCGGTCTGGCCGGGCTCGCCACTGACGTCCAGACAGTGTA...CAGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCGCCTCAAGTTCCGGCTGAACCTGTATGAGTTGAAGGAAGGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102738 CCAGCGCCTCAAGTTCCGGCTGAACCTGTATGAGTTGAAGGAAGGTCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGATCAAACCTTATACCCTCATGAGCATGGTGGCCAACCTCTTGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102788 AGATCAAACCTTATACCCTCATGAGCATGGTGGCCAACCTCTTGTATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAACG         GTTTGGCCCTTACTACACTGAGCCAGTCATTGCCGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102838 AAACGGTG...CAGGTTTGGCCCTTACTACACTGAGCCAGTCATTGCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTGGACCCGAAGACCTTTAAGCCCTTCATTTGCTCTCTAGACCTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107319 GTTGGACCCGAAGACCTTTAAGCCCTTCATTTGCTCTCTAGACCTCATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGCCCCATGGTGACTGATGACTTTGTGGTCAGTGGCACCTGCGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107369 GCTGCCCCATGGTGACTGATGACTTTGTGGTCAGTGGCACCTGCGCCGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAAATGTACGGAATGTGTGAGTCCCTCTGGGAGCCCAACATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107419 CAAATGTACGGAATGTGTGAGTCCCTCTGGGAGCCCAACATGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475  GATCCGGATCACCTGTTTGAAACCATCTCCCAAGCCATGCTGAATGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109262 GGATCCGGATCACCTGTTTGAAACCATCTCCCAAGCCATGCTGAATGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGACCGGGATGCAGTGTCAGGCATGGGAGTCATTGTCCACATCAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109312 TGGACCGGGATGCAGTGTCAGGCATGGGAGTCATTGTCCACATCATGTG.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570      CGAGAAGGACAAAATCACCACCAGGACACTGAAGGCCCGAATGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109362 ..CAGCGAGAAGGACAAAATCACCACCAGGACACTGAAGGCCCGAATGGA

    650 
    615 C
        |
 111016 C