seq1 = pF1KB6902.tfa, 669 bp
seq2 = pF1KB6902/gi568815586f_121788857.tfa (gi568815586f:121788857_122015944), 227088 bp

>pF1KB6902 669
>gi568815586f:121788857_122015944 (Chr12)

1-138  (100001-100138)   99% ->
139-241  (105883-105985)   100% ->
242-453  (110778-110989)   100% ->
454-555  (114150-114251)   100% ->
556-644  (127000-127088)   100% ->
645-669  (127428-127452)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGACGAGGAAGCGAGGCAGAGCGGAGGCTCCTCGCAGGCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100001 ATGTCCGACGAGGAAGCGAGGCAGAGCGGAGGCTCCTCGCAGGCCGGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGACTGTCAGCGACGTCCAGGAGCTGATGCGGCGCAAGGAGGAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGACTGTCAGCGACGTCCAGGAGCTGATGCGGCGCAAGGAGGAGATAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCGCAGATCAAGGCCAACTATGACGTGCTGGAAAGC         CAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 AAGCGCAGATCAAGGCCAACTATGACGTGCTGGAAAGCGTG...CAGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGGCATTGGGATGAACGAGCCGCTGGTGGACTGTGAGGGCTACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105886 AAAGGCATTGGGATGAACGAGCCGCTGGTGGACTGTGAGGGCTACCCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCAGACGTGGACCTGTACCAAGTCCGCACCGCCAGGCACAACATCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105936 GTCAGACGTGGACCTGTACCAAGTCCGCACCGCCAGGCACAACATCATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          GCCTGCAGAATGATCACAAGGCAGTGATGAAGCAGGTGGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105986 GTG...CAGGCCTGCAGAATGATCACAAGGCAGTGATGAAGCAGGTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGCCCTGCACCAGCTGCACGCTCGCGACAAGGAGAAGCAGGCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110819 GAGGCCCTGCACCAGCTGCACGCTCGCGACAAGGAGAAGCAGGCCCGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATGGCTGAGGCCCACAAAGAGGCCATGAGCCGCAAACTGGGTCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110869 CATGGCTGAGGCCCACAAAGAGGCCATGAGCCGCAAACTGGGTCAGAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGCCAGGGCCCTCCACGGGCCTTCGCCAAAGTGAACAGCATCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110919 AGAGCCAGGGCCCTCCACGGGCCTTCGCCAAAGTGAACAGCATCAGCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCTCCCCAGCCAGCATCGCG         GGTCTGCAAGTGGATGATGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110969 GGCTCCCCAGCCAGCATCGCGGTA...CAGGGTCTGCAAGTGGATGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATTGTGGAGTTCGGCTCTGTGAACACCCAGAACTTCCAGTCACTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114170 GATTGTGGAGTTCGGCTCTGTGAACACCCAGAACTTCCAGTCACTGCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACATTGGCAGTGTGGTGCAGCACAGTGAGGGG         AAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114220 ACATTGGCAGTGTGGTGCAGCACAGTGAGGGGGTG...CAGAAGCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGTGACAGTGATCCGCAGGGGGGAAAAACACCAGCTTAGACTTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127009 AATGTGACAGTGATCCGCAGGGGGGAAAAACACCAGCTTAGACTTGTTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AACACGCTGGGCAGGAAAAGGACTGCTGGG         CTGCAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 127059 AACACGCTGGGCAGGAAAAGGACTGCTGGGGTA...CAGCTGCAACATTA

    700     .    :
    656 TTCCTCTGCAAAGA
        ||||||||||||||
 127439 TTCCTCTGCAAAGA