seq1 = pF1KB6896.tfa, 606 bp
seq2 = pF1KB6896/gi568815597r_182500295.tfa (gi568815597r:182500295_182704259), 203965 bp

>pF1KB6896 606
>gi568815597r:182500295_182704259 (Chr1)

(complement)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-155  (100921-101031)   100% ->
156-220  (101776-101840)   100% ->
221-387  (102128-102294)   100% ->
388-606  (103747-103965)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCCGCACCCTGGCCGCCTTCCCCACCACCTGCCTGGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGTGCCGCACCCTGGCCGCCTTCCCCACCACCTGCCTGGAGAGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    AGCCAAAGAGTTCAAGACACGTCTGGGGATCTTTCTTCACAAATCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100918 CAGAGCCAAAGAGTTCAAGACACGTCTGGGGATCTTTCTTCACAAATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTGGGCTGCGATACTGGGAGTACTGGCAAGTTCGAGTGGGGCAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100968 AGCTGGGCTGCGATACTGGGAGTACTGGCAAGTTCGAGTGGGGCAGTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAGCAAAGAGAA         TAGAAACTTCTCAGAAGATGTGCTGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101018 CACAGCAAAGAGAAGTA...TAGTAGAAACTTCTCAGAAGATGTGCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGGAGAGAGTCGTTCGACCTGCTGCTGAGCAGTAAAA         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101803 GTGGAGAGAGTCGTTCGACCTGCTGCTGAGCAGTAAAAGTG...CAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAGTGGCTGCCTTCCACGCTTTCCTGAAGACAGAGTTCAGTGAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102131 GAGTGGCTGCCTTCCACGCTTTCCTGAAGACAGAGTTCAGTGAGGAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGGAGTTCTGGCTGGCCTGTGAGGAGTTCAAGAAGATCCGATCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102181 CTGGAGTTCTGGCTGGCCTGTGAGGAGTTCAAGAAGATCCGATCAGCTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGCTGGCCTCCAGGGCACACCAGATCTTTGAGGAGTTCATTTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102231 CAAGCTGGCCTCCAGGGCACACCAGATCTTTGAGGAGTTCATTTGCAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCCCCTAAAGAG         GTCAACATTGACCATGAGACCCGCGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||| ||||
 102281 AGGCCCCTAAAGAGGTT...CAGGTCAACATTGACCATGAGACCCACGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGACGAGGATGAACCTGCAGACTGCCACAGCCACATGCTTTGATGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 CTGACGAGGATGAACCTGCAGACTGCCACAGCCACATGCTTTGATGCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGGGGAAGACACGTACCCTGATGGAGAAGGACTCCTACCCACGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 TCAGGGGAAGACACGTACCCTGATGGAGAAGGACTCCTACCCACGCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAGTCGCCTGCTTACCGGGACCTGGCTGCCCAAGCCTCAGCCGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103874 TGAAGTCGCCTGCTTACCGGGACCTGGCTGCCCAAGCCTCAGCCGCCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCACTCTGTCCAGCTGCAGCCTGGACGAGCCCTCACACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103924 GCCACTCTGTCCAGCTGCAGCCTGGACGAGCCCTCACACACC