seq1 = pF1KB6888.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KB6888/gi568815589f_114326355.tfa (gi568815589f:114326355_114433131), 106777 bp

>pF1KB6888 603
>gi568815589f:114326355_114433131 (Chr9)

1-114  (3551-3664)   100% ->
115-257  (4080-4222)   99% ->
258-328  (4438-4508)   88% ->
329-436  (5213-5320)   83% ->
437-540  (5472-5575)   96% ->
541-603  (6715-6777)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGTCCTGGGTTCTTACAGTCCTGAGCCTCCTACCTCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3551 ATGGCGCTGTCCTGGGTTCTTACAGTCCTGAGCCTCCTACCTCTGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCAGATCCCATTGTGTGCCAACCTAGTACCGGTGCCCATCACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3601 AGCCCAGATCCCATTGTGTGCCAACCTAGTACCGGTGCCCATCACCAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCCTGGACCGG         ATCACTGGCAAGTGGTTTTATATCGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
   3651 CCACCCTGGACCGGGTG...CAGATCACTGGCAAGTGGTTTTATATCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGGCCTTTCGAAACGAGGAGTACAATAAGTCGGTTCAGGAGATCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   4107 TCGGCCTTTCGAAACGAGGAGTACAATAAGTCGGTTCAGGAGATCCAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACCTTCTTTTACTTCACCCCCAACAAGACAGAGGACACGATCTTTCTCA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
   4157 AACCTTCTTTTACTTTACCCCCAACAAGACAGAGGACACGATCTTTCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGAGTACCAGACCCG         ACAGGACCAGTGCATCTATAACACC
        ||||||||||||||||>>>...>>> ||| |||||||| |||||||| ||
   4207 GAGAGTACCAGACCCGGTG...TAGCCAGAACCAGTGCTTCTATAACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTACCTGAATGTCCAGCGGGAAAATGGGACCATCTCCAGATACG    
        |  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||>>>.
   4463 AGTTACCTGAATGTCCAGCGGGAGAATGGGACCGTCTCCAGATACGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      TGGGAGGCCAAGAGCAT TTCGCTCACTTGCTGATCCTCAGGGAC
        ..>>> |||||||| ||| |||-||-|||||| ||||| |||| ||||||
   4513 ..CAGAGGGAGGCCGAGAACATGTT GCTCACCTGCTGTTCCTTAGGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 ACCAAGACCTACATGCTTGCTT TTGACGTGAACGATGAGAAGAACTGGG
        ||||||||||  ||| ||| ||- |-|| || ||||||||||||||||||
   5257 ACCAAGACCTTGATGTTTGGTTCCT ACCTGGACGATGAGAAGAACTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 GGCTGTCTGTCTATG         CTGACAAGCCAGAGACGACCAAGGAG
        |||||||| ||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
   5306 GGCTGTCTTTCTATGGTA...CAGCTGACAAGCCAGAGACGACCAAGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463 CAACTGGGAGAGTTCTACGAAGCTCTCGACTGCTTGCGCATTCCCAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
   5498 CAACTGGGAGAGTTCTACGAAGCTCTCGACTGCTTGTGCATTCCCAGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 AGATGTCGTGTACACCGATTGGAAAAAG         GATAAGTGTGAGC
        ||||||| |||||||||| |||||||||>>>...>>>|||||||||||||
   5548 AGATGTCATGTACACCGACTGGAAAAAGGTA...TAGGATAAGTGTGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554 CACTGGAGAAGCAGCACGAGAAGGAGAGGAAACAGGAGGAGGGGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   6728 CACTGGAGAAGCAGCACGAGAAGGAGAGGAAACAGGAGGAGGGGGAATCC