seq1 = pF1KB6888.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KB6888/gi568815589f_114223134.tfa (gi568815589f:114223134_114329904), 106771 bp

>pF1KB6888 603
>gi568815589f:114223134_114329904 (Chr9)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-257  (100530-100672)   100% ->
258-328  (100885-100955)   100% ->
329-436  (101657-101764)   100% ->
437-540  (101916-102019)   100% ->
541-603  (103159-103221)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGTCCTGGGTTCTTACAGTCCTGAGCCTCCTACCTCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGTCCTGGGTTCTTACAGTCCTGAGCCTCCTACCTCTGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCAGATCCCATTGTGTGCCAACCTAGTACCGGTGCCCATCACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCCAGATCCCATTGTGTGCCAACCTAGTACCGGTGCCCATCACCAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCCTGGACCGG         ATCACTGGCAAGTGGTTTTATATCGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACCCTGGACCGGGTG...CAGATCACTGGCAAGTGGTTTTATATCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGGCCTTTCGAAACGAGGAGTACAATAAGTCGGTTCAGGAGATCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100557 TCGGCCTTTCGAAACGAGGAGTACAATAAGTCGGTTCAGGAGATCCAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACCTTCTTTTACTTCACCCCCAACAAGACAGAGGACACGATCTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100607 AACCTTCTTTTACTTCACCCCCAACAAGACAGAGGACACGATCTTTCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGAGTACCAGACCCG         ACAGGACCAGTGCATCTATAACACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100657 GAGAGTACCAGACCCGGTG...TAGACAGGACCAGTGCATCTATAACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTACCTGAATGTCCAGCGGGAAAATGGGACCATCTCCAGATACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100910 ACCTACCTGAATGTCCAGCGGGAAAATGGGACCATCTCCAGATACGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      TGGGAGGCCAAGAGCATTTCGCTCACTTGCTGATCCTCAGGGACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100960 ..CAGTGGGAGGCCAAGAGCATTTCGCTCACTTGCTGATCCTCAGGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAAGACCTACATGCTTGCTTTTGACGTGAACGATGAGAAGAACTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 CCAAGACCTACATGCTTGCTTTTGACGTGAACGATGAGAAGAACTGGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGTCTGTCTATG         CTGACAAGCCAGAGACGACCAAGGAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101752 CTGTCTGTCTATGGTA...CAGCTGACAAGCCAGAGACGACCAAGGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACTGGGAGAGTTCTACGAAGCTCTCGACTGCTTGCGCATTCCCAAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101944 ACTGGGAGAGTTCTACGAAGCTCTCGACTGCTTGCGCATTCCCAAGTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTCGTGTACACCGATTGGAAAAAG         GATAAGTGTGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101994 ATGTCGTGTACACCGATTGGAAAAAGGTA...TAGGATAAGTGTGAGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    556 CTGGAGAAGCAGCACGAGAAGGAGAGGAAACAGGAGGAGGGGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 CTGGAGAAGCAGCACGAGAAGGAGAGGAAACAGGAGGAGGGGGAATCC