seq1 = pF1KB6878.tfa, 600 bp
seq2 = pF1KB6878/gi568815589r_133241508.tfa (gi568815589r:133241508_133446662), 205155 bp

>pF1KB6878 600
>gi568815589r:133241508_133446662 (Chr9)

(complement)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-204  (101411-101491)   100% ->
205-413  (102330-102538)   100% ->
414-600  (104969-105155)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGCAGAGAGCCCTGCCCCAGAGCAAGGAGACGCTGCTGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGCAGAGAGCCCTGCCCCAGAGCAAGGAGACGCTGCTGCAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACAACAAGCGGCTGAAGGACGACATTAAGTCCATCATGGACAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACAACAAGCGGCTGAAGGACGACATTAAGTCCATCATGGACAACTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGAGATCATCAAGACCGCCAAG         ATTGAGGACGAGACGCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 CCGAGATCATCAAGACCGCCAAGGTG...CAGATTGAGGACGAGACGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTCACGGGCCACTCAGGGTGAACAGGACAATTACGAGATGCATGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101429 GTGTCACGGGCCACTCAGGGTGAACAGGACAATTACGAGATGCATGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCGCCAACATC         GTCCGAGCCGGCGAGTCCCTGATGAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101479 AGCCGCCAACATCGTG...CAGGTCCGAGCCGGCGAGTCCCTGATGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTGTCCGACCTCAAGCAGTTCCTGATCCTCAATGACTTCCCCTCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102358 TGGTGTCCGACCTCAAGCAGTTCCTGATCCTCAATGACTTCCCCTCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACGAGGCCATTGACCAGCGCAACCAGCAGCTGCGCACACTGCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102408 AACGAGGCCATTGACCAGCGCAACCAGCAGCTGCGCACACTGCAGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGCGACCGGAAGCTCATCACGCTGCGAGACGAGATCTCCATTGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102458 GTGCGACCGGAAGCTCATCACGCTGCGAGACGAGATCTCCATTGACCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGAGCTGGAGGAGGAGTATTACTCGTCCAG         CTCAAGCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102508 ACGAGCTGGAGGAGGAGTATTACTCGTCCAGGTA...AAGCTCAAGCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCGAAGCTAATGACCTGCCTCTGTGCGAAGCTTACGGGAGGCTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104979 TGCGAAGCTAATGACCTGCCTCTGTGCGAAGCTTACGGGAGGCTGGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGACACAGACTCTGCTGATGGCCTCTCGGCCCCTCTGCTGGCGTCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105029 CGACACAGACTCTGCTGATGGCCTCTCGGCCCCTCTGCTGGCGTCCCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCCCAGTGCTGGCCCCCTACAGGTGGCAGCCCCTGCCCACTCCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105079 AGCCCAGTGCTGGCCCCCTACAGGTGGCAGCCCCTGCCCACTCCCATGCT

    600     .    :    .    :    .
    574 GGTGGCCCTGGCCCCACTGAGCACGCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 105129 GGTGGCCCTGGCCCCACTGAGCACGCC