seq1 = pF1KB6877.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KB6877/gi568815596f_88426403.tfa (gi568815596f:88426403_88629471), 203069 bp

>pF1KB6877 540
>gi568815596f:88426403_88629471 (Chr2)

1-27  (99243-99269)   100% ->
28-120  (100003-100095)   100% ->
121-540  (102650-103069)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGTGTGAAATACCCGGGACAG         GACCCTGTGGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99243 ATGGCAGGTGTGAAATACCCGGGACAGGTG...TAGGACCCTGTGGATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGACATATACCAAAGCTCCCACATGGTCGACTATCAGCCCTACAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 AGACATATACCAAAGCTCCCACATGGTCGACTATCAGCCCTACAGGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAAATACTCCAGGGTCACGCCGCAAGAG         CAGGCAAAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100067 ACAAATACTCCAGGGTCACGCCGCAAGAGGTA...CAGCAGGCAAAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATGCTCAACTCCGGGACAAAGAGTTTTACAGGCCCATCCCTAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102662 GATGCTCAACTCCGGGACAAAGAGTTTTACAGGCCCATCCCTAACCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCCAAGCTAACAGATGGGTACCCTGCTTTCAAAAGACCCCACATGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102712 CCCCAAGCTAACAGATGGGTACCCTGCTTTCAAAAGACCCCACATGACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAAGACCTGGGACTCCCCGGCTTCTTCCCATCACAGGAACATGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102762 CCAAAGACCTGGGACTCCCCGGCTTCTTCCCATCACAGGAACATGAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGAGGGAGGACGAGCGCAAGTTCACCAGCACCTGCCATTTCACATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102812 ACGAGGGAGGACGAGCGCAAGTTCACCAGCACCTGCCATTTCACATATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTTCCCACGATCTGCACCTGGCCCAGGGTGACCCCAACCAGGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102862 AGCTTCCCACGATCTGCACCTGGCCCAGGGTGACCCCAACCAGGTCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGTGCTGACTTTCCGTGCCTCGTGGATCCCAAACACCAGCCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102912 AGAGTGCTGACTTTCCGTGCCTCGTGGATCCCAAACACCAGCCTGCTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGATGGCCAAAGGCTACCTGCTACTGCCAGGGTGTCCCTGTCTTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102962 GAGATGGCCAAAGGCTACCTGCTACTGCCAGGGTGTCCCTGTCTTCATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCATATAGTCAAGGTCCCCATCTTGAACCGGTGGGGACCCTTGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103012 CCATATAGTCAAGGTCCCCATCTTGAACCGGTGGGGACCCTTGATGCCAT

    550     .
    533 TTTACCAG
        ||||||||
 103062 TTTACCAG