seq1 = pF1KB6873.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KB6873/gi568815589f_135461802.tfa (gi568815589f:135461802_135665514), 203713 bp

>pF1KB6873 540
>gi568815589f:135461802_135665514 (Chr9)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-236  (100493-100632)   100% ->
237-310  (101019-101092)   100% ->
311-421  (102443-102553)   100% ->
422-526  (103609-103713)   100% ->
527-540  (103984-103997)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGCCTCCTGCTCACCCTGGGCGTGGCCCTGGTCTGTGGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTGCCTCCTGCTCACCCTGGGCGTGGCCCTGGTCTGTGGTGTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCATGGACATCCCCCAGACCAAGCAGGACCTGGAGCTCCCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GGCCATGGACATCCCCCAGACCAAGCAGGACCTGGAGCTCCCAAAGGTT.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      TTGGCAGGGACCTGGCACTCCATGGCCATGGCGACCAACAACATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGTTGGCAGGGACCTGGCACTCCATGGCCATGGCGACCAACAACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCTCATGGCGACACTGAAGGCCCCTCTGAGGGTCCACATCACCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100538 TCCCTCATGGCGACACTGAAGGCCCCTCTGAGGGTCCACATCACCTCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGCCCACCCCCGAGGACAACCTGGAGATCGTTCTGCACAGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100588 GTTGCCCACCCCCGAGGACAACCTGGAGATCGTTCTGCACAGATGGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     GGAGAACAACAGCTGTGTTGAGAAGAAGGTCCTTGGAGAGAAGACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100638 .CAGGGAGAACAACAGCTGTGTTGAGAAGAAGGTCCTTGGAGAGAAGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAATCCAAAGAAGTTCAAGATCAACT         ATACGGTGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101065 GAGAATCCAAAGAAGTTCAAGATCAACTGTG...CAGATACGGTGGCGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAGGCCACGCTGCTCGATACTGACTACGACAATTTCCTGTTTCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102456 CGAGGCCACGCTGCTCGATACTGACTACGACAATTTCCTGTTTCTCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACAGGACACCACCACCCCCATCCAGAGCATGATGTGCCAGTACCTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102506 TACAGGACACCACCACCCCCATCCAGAGCATGATGTGCCAGTACCTGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422        CCAGAGTCCTGGTGGAGGACGATGAGATCATGCAGGGATTCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 G...CAGCCAGAGTCCTGGTGGAGGACGATGAGATCATGCAGGGATTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGGGCTTTCAGGCCCCTGCCCAGGCACCTATGGTACTTGCTGGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103652 CAGGGCTTTCAGGCCCCTGCCCAGGCACCTATGGTACTTGCTGGACTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .
    515 AACAGATGGAAG         AGCCGTGCCGTTTC
        ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103702 AACAGATGGAAGGTG...CAGAGCCGTGCCGTTTC