seq1 = pF1KB6865.tfa, 537 bp
seq2 = pF1KB6865/gi568815596r_3398966.tfa (gi568815596r:3398966_3619487), 220522 bp

>pF1KB6865 537
>gi568815596r:3398966_3619487 (Chr2)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-240  (105512-105631)   100% ->
241-420  (118495-118674)   99% ->
421-537  (120406-120522)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGGCCTGGTATATGGACGACGCCCCGGGCGACCCGCGGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAGGCCTGGTATATGGACGACGCCCCGGGCGACCCGCGGCAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCGCCCCGACCCCGGCCGCCCAGTGGGCCTGGAGCAGCTGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACCGCCCCGACCCCGGCCGCCCAGTGGGCCTGGAGCAGCTGCGGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGGGGTGCTCTACTGGAAG         CTGGATGCTGACAAATATGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TCGGGGTGCTCTACTGGAAGGTA...TAGCTGGATGCTGACAAATATGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGATCCAGAATTAGAAAAGATCCGAAGAGAGAGGAACTACTCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105533 AATGATCCAGAATTAGAAAAGATCCGAAGAGAGAGGAACTACTCCTGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACATCATAACCATATGCAAAGATAAACTACCAAATTATGAAGAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105583 GGACATCATAACCATATGCAAAGATAAACTACCAAATTATGAAGAAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         ATTAAGATGTTCTACGAGGAGCATTTGCACTTGGACGATGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105633 TA...TAGATTAAGATGTTCTACGAGGAGCATTTGCACTTGGACGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCGCTACATCCTGGATGGCAGTGGGTACTTCGACGTGAGGGACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 118537 ATCCGCTACATCCTGGATGGCAGTGGGTACTTCGATGTGAGGGACAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACCAGTGGATCCGGATCTTCATGGAGAAGGGAGACATGGTGACGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118587 GGACCAGTGGATCCGGATCTTCATGGAGAAGGGAGACATGGTGACGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGCGGGGATCTATCACCGCTTCACGGTGGACGAGAAG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118637 CCGCGGGGATCTATCACCGCTTCACGGTGGACGAGAAGGTG...CAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACACGAAGGCCATGCGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTGTGGACAGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120409 TACACGAAGGCCATGCGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTGTGGACAGCGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACCGGCCCGCTGACCATTTTGAAGCCCGCGGGCAGTACGTGAAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120459 CAACCGGCCCGCTGACCATTTTGAAGCCCGCGGGCAGTACGTGAAATTTC

    550     .    :
    524 TGGCACAGACCGCC
        ||||||||||||||
 120509 TGGCACAGACCGCC