seq1 = pF1KB6849.tfa, 531 bp
seq2 = pF1KB6849/gi568815593f_160099107.tfa (gi568815593f:160099107_160338656), 239550 bp

>pF1KB6849 531
>gi568815593f:160099107_160338656 (Chr5)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-135  (114630-114713)   100% ->
136-214  (130440-130518)   100% ->
215-390  (132992-133167)   100% ->
391-480  (135714-135803)   100% ->
481-531  (139500-139550)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACAGTGACGATGATGATGGTGGTGGAGATGCAGGCGCTGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGACAGTGACGATGATGATGGTGGTGGAGATGCAGGCGCTGACTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GTTCTGAGAGCTGTGTTGTCTGCGTGCACATGGGTGAGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGTTCTGAGAGCTGTGTTGTCTGCGTGCACATGGGTGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAAAGGAGACCTGCAGAGAATGAAACAGACACATAAAGGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114670 GGAAAGGAGACCTGCAGAGAATGAAACAGACACATAAAGGAAAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    CCTCCCAGCAGCATGGCTTTCACCGGCAAGTTCGAGATGGAGAGTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130437 CAGCCTCCCAGCAGCATGGCTTTCACCGGCAAGTTCGAGATGGAGAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGAATTATGATGAGTTCATGAAGCTCCTTG         GGATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 130487 GAAGAATTATGATGAGTTCATGAAGCTCCTTGGTG...CAGGGATCTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCGATGTAATCGAAAAGGCCCGCAACTTCAAGATCGTCACGGAGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133001 GCGATGTAATCGAAAAGGCCCGCAACTTCAAGATCGTCACGGAGGTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGGATGGGCAGGACTTCACTTGGTCCCAGCACTACTCCGGGGGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133051 CAGGATGGGCAGGACTTCACTTGGTCCCAGCACTACTCCGGGGGCCACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATGACCAACAAGTTCACTGTTGGCAAGGAAAGCAACATACAGACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133101 CATGACCAACAAGTTCACTGTTGGCAAGGAAAGCAACATACAGACAATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGGCAAGACGTTCAAG         GCCACTGTGCAGATGGAGGGCGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 133151 GGGGCAAGACGTTCAAGGTG...CAGGCCACTGTGCAGATGGAGGGCGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGCTGGTGGTGAATTTCCCCAACTATCACCAGACCTCAGAGATCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135738 AAGCTGGTGGTGAATTTCCCCAACTATCACCAGACCTCAGAGATCGTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGACAAGCTGGTGGAG         GTCTCCACCATCGGAGGCGTGACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 135788 TGACAAGCTGGTGGAGGTG...CAGGTCTCCACCATCGGAGGCGTGACCT

    550     .    :    .    :    .
    506 ATGAGCGCGTGAGCAAGAGACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||
 139525 ATGAGCGCGTGAGCAAGAGACTGGCC