seq1 = pF1KB6846.tfa, 579 bp
seq2 = pF1KB6846/gi568815591f_100621557.tfa (gi568815591f:100621557_100823130), 201574 bp

>pF1KB6846 579
>gi568815591f:100621557_100823130 (Chr7)

7-159  (99995-100147)   98% ->
160-246  (100406-100492)   100% ->
247-426  (101108-101287)   100% ->
427-579  (101422-101574)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 GTGC ACGAATGTCCTGCCTGGCTGTGGCTTCTCCTGTCCCTGCTGTCGC
        || |-|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 GTTCTA GAATGTCCTGCCTGGCTGTGGCTTCTCCTGTCCCTGCTGTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 TCCCTCTGGGCCTCCCAGTCCTGGGCGCCCCACCACGCCTCATCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 TCCCTCTGGGCCTCCCAGTCCTGGGCGCCCCACCACGCCTCATCTGTGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 AGCCGAGTCCTGGAGAGGTACCTCTTGGAGGCCAAGGAGGCCGAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 AGCCGAGTCCTGGAGAGGTACCTCTTGGAGGCCAAGGAGGCCGAGAATAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    156 CACG         ACGGGCTGTGCTGAACACTGCAGCTTGAATGAGAATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100144 CACGGTG...CAGACGGGCTGTGCTGAACACTGCAGCTTGAATGAGAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 TCACTGTCCCAGACACCAAAGTTAATTTCTATGCCTGGAAGAGGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100443 TCACTGTCCCAGACACCAAAGTTAATTTCTATGCCTGGAAGAGGATGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247          GTCGGGCAGCAGGCCGTAGAAGTCTGGCAGGGCCTGGCCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100493 GTG...TAGGTCGGGCAGCAGGCCGTAGAAGTCTGGCAGGGCCTGGCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288 GCTGTCGGAAGCTGTCCTGCGGGGCCAGGCCCTGTTGGTCAACTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101149 GCTGTCGGAAGCTGTCCTGCGGGGCCAGGCCCTGTTGGTCAACTCTTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 AGCCGTGGGAGCCCCTGCAGCTGCATGTGGATAAAGCCGTCAGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 AGCCGTGGGAGCCCCTGCAGCTGCATGTGGATAAAGCCGTCAGTGGCCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 CGCAGCCTCACCACTCTGCTTCGGGCTCTGGGAGCCCAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101249 CGCAGCCTCACCACTCTGCTTCGGGCTCTGGGAGCCCAGGTG...CAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429 GGAAGCCATCTCCCCTCCAGATGCGGCCTCAGCTGCTCCACTCCGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101424 GGAAGCCATCTCCCCTCCAGATGCGGCCTCAGCTGCTCCACTCCGAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 TCACTGCTGACACTTTCCGCAAACTCTTCCGAGTCTACTCCAATTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 TCACTGCTGACACTTTCCGCAAACTCTTCCGAGTCTACTCCAATTTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 CGGGGAAAGCTGAAGCTGTACACAGGGGAGGCCTGCAGGACAGGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101524 CGGGGAAAGCTGAAGCTGTACACAGGGGAGGCCTGCAGGACAGGGGACAG

    600 
    579 A
        |
 101574 A