seq1 = pF1KB6839.tfa, 516 bp
seq2 = pF1KB6839/gi568815592r_34188756.tfa (gi568815592r:34188756_34492362), 303607 bp

>pF1KB6839 516
>gi568815592r:34188756_34492362 (Chr6)

(complement)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-210  (150391-150501)   100% ->
211-255  (196678-196722)   100% ->
256-340  (198828-198912)   100% ->
341-516  (203432-203607)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGAAGCTCAAGTCGAACCAGACCCGCACCTACGACGGCGACGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGAAGCTCAAGTCGAACCAGACCCGCACCTACGACGGCGACGGCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAAGCGGGCCGCATGCCTGTGTTTCCGCAGCGAGAGCGAGGAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CAAGAAGCGGGCCGCATGCCTGTGTTTCCGCAGCGAGAGCGAGGAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GTGCTACTCGTGAGCAGTAGTCGCCATCCAGACAGATGGATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...CAGGTGCTACTCGTGAGCAGTAGTCGCCATCCAGACAGATGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCCTGGAGGAGGCATGGAGCCCGAGGAGGAGCCAAGTGTGGCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150433 GTCCCTGGAGGAGGCATGGAGCCCGAGGAGGAGCCAAGTGTGGCAGCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGTGAAGTCTGTGAGGAG         GCTGGAGTAAAAGGGACATTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 150483 TCGTGAAGTCTGTGAGGAGGTA...TAGGCTGGAGTAAAAGGGACATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAGATTAGTTGGAATTTTTGAG         AACCAGGAGAGGAAGCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 196700 GAAGATTAGTTGGAATTTTTGAGGTA...CAGAACCAGGAGAGGAAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGGACGTATGTCTATGTGCTCATTGTCACTGAAGTGCTGGAAGACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198846 AGGACGTATGTCTATGTGCTCATTGTCACTGAAGTGCTGGAAGACTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATTCAGTTAACATTG         GAAGGAAGAGGGAATGGTTTAAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 198896 AGATTCAGTTAACATTGGTA...CAGGAAGGAAGAGGGAATGGTTTAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAGAAGACGCCATAAAAGTGCTGCAGTATCACAAACCCGTGCAGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203456 TAGAAGACGCCATAAAAGTGCTGCAGTATCACAAACCCGTGCAGGCATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATTTTGAAACATTGAGGCAAGGCTACTCAGCCAACAATGGCACCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203506 TATTTTGAAACATTGAGGCAAGGCTACTCAGCCAACAATGGCACCCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGTGGCCACCACATACTCGGTTTCTGCTCAGAGCTCGATGTCAGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203556 CGTGGCCACCACATACTCGGTTTCTGCTCAGAGCTCGATGTCAGGCATCA

    550 
    515 GA
        ||
 203606 GA