seq1 = pF1KB6838.tfa, 570 bp
seq2 = pF1KB6838/gi568815589f_130072664.tfa (gi568815589f:130072664_130326484), 253821 bp

>pF1KB6838 570
>gi568815589f:130072664_130326484 (Chr9)

1-64  (100001-100064)   100% ==
89-228  (145168-145307)   100% ->
229-307  (147062-147140)   100% ->
308-396  (149987-150075)   100% ->
397-474  (150419-150496)   100% ->
475-570  (153726-153821)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAATCCAACAGCAAGTTGAAGCCCGAAGTTGTGGAGGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAATCCAACAGCAAGTTGAAGCCCGAAGTTGTGGAGGAGCTGAC

     50     .    :
     51 CAGGAAGACCTACT
        ||||||||||||||
 100051 CAGGAAGACCTACT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     89 GGTACAAAGGCTTCATCAAGGACTGCCCCAGTGGGCAGCTGGATGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145168 GGTACAAAGGCTTCATCAAGGACTGCCCCAGTGGGCAGCTGGATGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139 GGCTTCCAGAAGATCTACAAGCAATTCTTCCCGTTCGGAGACCCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145218 GGCTTCCAGAAGATCTACAAGCAATTCTTCCCGTTCGGAGACCCCACCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189 GTTTGCCACATTTGTTTTCAACGTCTTTGATGAAAACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 145268 GTTTGCCACATTTGTTTTCAACGTCTTTGATGAAAACAAGGTG...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230 ACGGGCGAATTGAGTTCTCCGAGTTCATCCAGGCGCTGTCGGTGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147063 ACGGGCGAATTGAGTTCTCCGAGTTCATCCAGGCGCTGTCGGTGACCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280 CGGGGAACCCTGGATGAGAAGCTACGGT         GGGCCTTCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 147113 CGGGGAACCCTGGATGAGAAGCTACGGTGTA...CAGGGGCCTTCAAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    321 CTACGACTTGGACAATGATGGCTACATCACCAGGAATGAGATGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150000 CTACGACTTGGACAATGATGGCTACATCACCAGGAATGAGATGCTGGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    371 TTGTGGATGCCATTTACCAGATGGTG         GGGAATACCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 150050 TTGTGGATGCCATTTACCAGATGGTGGTG...CAGGGGAATACCGTGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    412 CTCCCAGAGGAGGAGAACACTCCTGAGAAGAGGGTGGACCGGATCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150434 CTCCCAGAGGAGGAGAACACTCCTGAGAAGAGGGTGGACCGGATCTTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    462 CATGATGGATAAG         AATGCCGACGGGAAGCTGACCCTGCAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 150484 CATGATGGATAAGGTG...CAGAATGCCGACGGGAAGCTGACCCTGCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503 AGTTCCAGGAGGGTTCCAAGGCAGACCCGTCCATTGTGCAGGCGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153754 AGTTCCAGGAGGGTTCCAAGGCAGACCCGTCCATTGTGCAGGCGCTGTCC

    500     .    :    .
    553 CTCTACGACGGGCTGGTA
        ||||||||||||||||||
 153804 CTCTACGACGGGCTGGTA