seq1 = pF1KB6824.tfa, 561 bp
seq2 = pF1KB6824/gi568815583r_78005739.tfa (gi568815583r:78005739_78231215), 225477 bp

>pF1KB6824 561
>gi568815583r:78005739_78231215 (Chr15)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ==
87-198  (119940-120051)   100% ->
199-346  (121834-121981)   100% ->
347-542  (125282-125477)   100% ->
543-561  (125884-125902)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACAAGCAGACCATCTTCACCGAAGAGCAGCTAGACAACTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAACAAGCAGACCATCTTCACCGAAGAGCAGCTAGACAACTACCA

     50 
     51 GG
        ||
 100051 GG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     87 GCTGCATTCGCGATTCTATGAGCTGGCCCCCAACCTCGTCCCAATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119940 GCTGCATTCGCGATTCTATGAGCTGGCCCCCAACCTCGTCCCAATGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137 ACAGGAAGAGCCCCATCGTCCACGTGCCCATGAGCCTCATCATCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119990 ACAGGAAGAGCCCCATCGTCCACGTGCCCATGAGCCTCATCATCCAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187 CCAGAGCTCCGG         GAGAATCCCTTCAAAGAAAGGATCGTGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120040 CCAGAGCTCCGGGTA...CAGGAGAATCCCTTCAAAGAAAGGATCGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228 GGCGTTTTCCGAGGATGGTGAGGGGAACCTCACTTTCAACGACTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121863 GGCGTTTTCCGAGGATGGTGAGGGGAACCTCACTTTCAACGACTTTGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278 ACATGTTTTCCGTGCTCTGCGAGTCGGCTCCCCGAGAGCTCAAGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121913 ACATGTTTTCCGTGCTCTGCGAGTCGGCTCCCCGAGAGCTCAAGGCAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328 TATGCCTTCAAGATCTATG         ACTTCAACACTGACAACTTCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121963 TATGCCTTCAAGATCTATGGTA...CAGACTTCAACACTGACAACTTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369 CTGCAAGGAGGACCTGGAGCTGACGCTGGCCCGGCTCACTAAGTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125304 CTGCAAGGAGGACCTGGAGCTGACGCTGGCCCGGCTCACTAAGTCAGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419 TGGATGAGGAGGAGGTGGTGCTTGTGTGCGACAAGGTCATTGAGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125354 TGGATGAGGAGGAGGTGGTGCTTGTGTGCGACAAGGTCATTGAGGAGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469 GACTTGGACGGTGACGGCAAGCTGGGCTTTGCTGACTTCGAGGACATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125404 GACTTGGACGGTGACGGCAAGCTGGGCTTTGCTGACTTCGAGGACATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519 TGCCAAGGCCCCTGACTTCCTCAG         CACTTTCCACATCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125454 TGCCAAGGCCCCTGACTTCCTCAGGTG...TAGCACTTTCCACATCCGGA

    500 
    560 TC
        ||
 125901 TC