seq1 = pF1KB6820.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KB6820/gi568815595f_5022466.tfa (gi568815595f:5022466_5278710), 256245 bp

>pF1KB6820 558
>gi568815595f:5022466_5278710 (Chr3)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-204  (148038-148118)   100% ->
205-278  (149685-149758)   100% ->
279-372  (150182-150275)   100% ->
373-440  (151552-151619)   100% ->
441-511  (151879-151949)   100% ->
512-558  (156199-156245)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCGCTCATCTCCCGCCTGCTGGACTGGTTCCGTTCGCTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCGCTCATCTCCCGCCTGCTGGACTGGTTCCGTTCGCTCTTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAAGAGATGGAGCTGACGCTCGTGGGGCTGCAGTACTCGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAAGAGATGGAGCTGACGCTCGTGGGGCTGCAGTACTCGGGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCTTCGTCAATGTCATCGCG         TCAGGTCAATTCAGTGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 CCACCTTCGTCAATGTCATCGCGGTG...CAGTCAGGTCAATTCAGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATATGATACCCACAGTGGGCTTCAACATGAGGAAGGTAACTAAAGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148056 GATATGATACCCACAGTGGGCTTCAACATGAGGAAGGTAACTAAAGGTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTCACAATAAAG         ATCTGGGACATAGGAGGACAACCCCGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 148106 CGTCACAATAAAGGTA...AAGATCTGGGACATAGGAGGACAACCCCGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCGAAGCATGTGGGAGCGGTATTGCAGAGGAGTCAATGCTATTGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 149713 TTCGAAGCATGTGGGAGCGGTATTGCAGAGGAGTCAATGCTATTGTGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      TTACATGATAGATGCTGCAGATCGTGAAAAGATAGAAGCTTCCCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149763 ..AAGTTACATGATAGATGCTGCAGATCGTGAAAAGATAGAAGCTTCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATGAGCTACATAATCTTCTAGATAAACCACAGTTACAAGGAATTCCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 150227 AAATGAGCTACATAATCTTCTAGATAAACCACAGTTACAAGGAATTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GTGCTAGTGCTTGGAAACAAGAGAGATCTTCCTAATGCCTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150277 TA...AAGGTGCTAGTGCTTGGAAACAAGAGAGATCTTCCTAATGCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATGAGAAACAGCTAATTGAAAAAAT         GAATCTGTCTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 151594 GATGAGAAACAGCTAATTGAAAAAATGTA...TAGGAATCTGTCTGCTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCAGGATAGAGAAATTTGCTGCTATTCAATTTCTTGCAAAGAAAAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151894 TCAGGATAGAGAAATTTGCTGCTATTCAATTTCTTGCAAAGAAAAGGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATATAG         ATATCACACTTCAGTGGCTTATTCAGCATTCAAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151944 ATATAGGTA...TAGATATCACACTTCAGTGGCTTATTCAGCATTCAAAA

    600     .    :
    547 TCTAGAAGAAGC
        ||||||||||||
 156234 TCTAGAAGAAGC