seq1 = pF1KB6812.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KB6812/gi568815592r_42912473.tfa (gi568815592r:42912473_43113390), 200918 bp

>pF1KB6812 555
>gi568815592r:42912473_43113390 (Chr6)

(complement)

1-28  (99578-99605)   100% ->
29-303  (100002-100276)   100% ->
304-406  (100363-100465)   100% ->
407-555  (100770-100918)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCTGAAAGGCATCTGTCAGGCG         CCCCTGCCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  99578 ATGGGGCCTGAAAGGCATCTGTCAGGCGGTA...CAGCCCCTGCCCGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCAACAGTAGTTCTAGGAGGAGACACCATGGGCCCTGAGCGTATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 GGCAACAGTAGTTCTAGGAGGAGACACCATGGGCCCTGAGCGTATCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAATCAGACTGAGGAACTGGGACATCAGGGCCCTTCAGAAGGCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 CCAATCAGACTGAGGAACTGGGACATCAGGGCCCTTCAGAAGGCACTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTGGAGCAGTGAGGAGCCTGAGGAAGAGCAGGAGGAAACGGGGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 GATTGGAGCAGTGAGGAGCCTGAGGAAGAGCAGGAGGAAACGGGGTCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCAGCTGGCTACTCCTACCAGCCCCTGAACCAAGATCCTGAACAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 CCCAGCTGGCTACTCCTACCAGCCCCTGAACCAAGATCCTGAACAAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTGGAACTGGCACCAGTGGGGGATGGAGATGTAGTTGCTGACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100215 AGGTGGAACTGGCACCAGTGGGGGATGGAGATGTAGTTGCTGACATCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATCGAATCCAG         GCCCTGGGGCTTCATTTGCCAGACCCACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100265 GATCGAATCCAGGTA...CAGGCCCTGGGGCTTCATTTGCCAGACCCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTAGAGAGTGAAGATGAAGATGAGGAGGGAGCTACAGCGTTGAACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100392 ATTAGAGAGTGAAGATGAAGATGAGGAGGGAGCTACAGCGTTGAACAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGCTCTATTCCCATGGACCCAG         AACATGTAGAGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100442 ACAGCTCTATTCCCATGGACCCAGGTA...CAGAACATGTAGAGCTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAAGGACAATGGCTGGAGTAAGCCTGCCTGCGCCAGGGGTTCCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100787 AAAAGGACAATGGCTGGAGTAAGCCTGCCTGCGCCAGGGGTTCCTGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCTCGGGAGATATCGGATGCCCAGTGGGAAGATGTGGTACAGAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100837 GGCTCGGGAGATATCGGATGCCCAGTGGGAAGATGTGGTACAGAAAGCCC

    550     .    :    .    :    .    :
    524 TCCAAGCCCGGCAGGCATCCCCTGCCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100887 TCCAAGCCCGGCAGGCATCCCCTGCCTGGAAG