seq1 = pF1KB6803.tfa, 477 bp
seq2 = pF1KB6803/gi568815589f_89505122.tfa (gi568815589f:89505122_89706076), 200955 bp

>pF1KB6803 477
>gi568815589f:89505122_89706076 (Chr9)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-155  (100311-100412)   100% ->
156-369  (100546-100759)   100% ->
370-477  (100848-100955)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCTGGAAGAAGTCCGCGGCCAGGACACAGTTCCGGAAAGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCTGGAAGAAGTCCGCGGCCAGGACACAGTTCCGGAAAGCACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAG         GATGCAGGGTGCCGGGAAAGCGCTGCATGAGTTGCTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGTG...CAGGATGCAGGGTGCCGGGAAAGCGCTGCATGAGTTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTCGGCGCAGCGTCAGGGCTGCCTCACTGCCGGCGTCTACGAGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 TGTCGGCGCAGCGTCAGGGCTGCCTCACTGCCGGCGTCTACGAGTCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGTCTTGAACGT         GGACCCCGACAATGTGACCTTCTGTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100399 AAAGTCTTGAACGTGTA...CAGGGACCCCGACAATGTGACCTTCTGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGGCTGCGGGTGAGGAGGACGAGGGCGACATCGCGCTGCAGATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100573 GCTGGCTGCGGGTGAGGAGGACGAGGGCGACATCGCGCTGCAGATCCATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTACGCTGATCCAGGCTTTCTGCTGCGAGAACGACATCGACATAGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100623 TTACGCTGATCCAGGCTTTCTGCTGCGAGAACGACATCGACATAGTGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGGCGATGTGCAGCGGCTGGCGGCTATCGTGGGCGCCGGCGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100673 GTGGGCGATGTGCAGCGGCTGGCGGCTATCGTGGGCGCCGGCGAGGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGTGCGCCGGGCGACCTGCACTGCATCCTCATTTCG         AACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100723 GGGTGCGCCGGGCGACCTGCACTGCATCCTCATTTCGGTG...CAGAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAACGAGGACGCCTGGAAGGATCCCGCCTTGGAGAAGCTCAGCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 CCAACGAGGACGCCTGGAAGGATCCCGCCTTGGAGAAGCTCAGCCTGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCGAGGAGAGCCGCAGCGTTAACGACTGGGTGCCCAGCATCACCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100902 TGCGAGGAGAGCCGCAGCGTTAACGACTGGGTGCCCAGCATCACCCTCCC

    500 
    474 CGAG
        ||||
 100952 CGAG