seq1 = pF1KB6802.tfa, 552 bp
seq2 = pF1KB6802/gi568815592f_211878.tfa (gi568815592f:211878_450865), 238988 bp

>pF1KB6802 552
>gi568815592f:211878_450865 (Chr6)

1-21  (80663-80683)   100% ->
22-55  (92751-92784)   100% ->
56-138  (100003-100085)   100% ->
139-188  (123237-123286)   100% ->
189-263  (133977-134051)   100% ->
264-435  (136226-136397)   100% ->
436-508  (136892-136964)   100% ->
509-552  (138945-138988)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAATGGGATGAACAAG         ATCCTGCCCGGCCTGTACAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  80663 ATGGGGAATGGGATGAACAAGGTA...TAGATCCTGCCCGGCCTGTACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGGCAACTTCAAAG         ATGCCAGAGACGCGGAACAATTGAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  92771 CGGCAACTTCAAAGGTG...CAGATGCCAGAGACGCGGAACAATTGAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AGAACAAGGTGACACATATTCTGTCTGTCCACGATAGTGCCAGGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100030 AGAACAAGGTGACACATATTCTGTCTGTCCACGATAGTGCCAGGCCTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGGAG         GGAGTTAAATACCTGTGCATCCCAGCAGCGGATTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100080 TTGGAGGTA...CAGGGAGTTAAATACCTGTGCATCCCAGCAGCGGATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ACCATCTCAAAACCT         GACAAGACATTTCAAAGAAAGTATTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123272 ACCATCTCAAAACCTGTA...CAGGACAAGACATTTCAAAGAAAGTATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 AATTCATTCACGAGTGCCGGCTCCGCGGTGAGAGCTGCCTTGTACACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 134003 AATTCATTCACGAGTGCCGGCTCCGCGGTGAGAGCTGCCTTGTACACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    264         CCTGGCCGGGGTCTCCAGGAGCGTGACACTGGTGATCGCATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134053 TA...CAGCCTGGCCGGGGTCTCCAGGAGCGTGACACTGGTGATCGCATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CATCATGACCGTCACTGACTTTGGCTGGGAGGATGCCCTGCACACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136268 CATCATGACCGTCACTGACTTTGGCTGGGAGGATGCCCTGCACACCGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GTGCTGGGAGATCCTGTGCCAACCCCAACGTGGGCTTCCAGAGACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136318 GTGCTGGGAGATCCTGTGCCAACCCCAACGTGGGCTTCCAGAGACAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGGAGTTTGAGAAGCATGAGGTCCATCAG         TATCGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 136368 CAGGAGTTTGAGAAGCATGAGGTCCATCAGGTA...CAGTATCGGCAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GCTGAAGGAAGAATATGGAGAGAGCCCTTTGCAGGATGCAGAAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136903 GCTGAAGGAAGAATATGGAGAGAGCCCTTTGCAGGATGCAGAAGAAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAAACATTCTGG         CCGCTCCGGGAATTCTGAAGTTCTGGGCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 136953 AAAACATTCTGGGTA...CAGCCGCTCCGGGAATTCTGAAGTTCTGGGCC

    600     .    :    .
    538 TTTCTCAGAAGACTG
        |||||||||||||||
 138974 TTTCTCAGAAGACTG