seq1 = pF1KB6791.tfa, 381 bp
seq2 = pF1KB6791/gi568815596r_88023057.tfa (gi568815596r:88023057_88228017), 204961 bp

>pF1KB6791 381
>gi568815596r:88023057_88228017 (Chr2)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-240  (101670-101842)   100% ->
241-333  (103432-103524)   100% ->
334-381  (104914-104961)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTTCTCCGGCAAGTACCAACTGCAGAGCCAGGAAAACTTTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTTCTCCGGCAAGTACCAACTGCAGAGCCAGGAAAACTTTGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCATGAAGGCAATCG         GTCTGCCGGAAGAGCTCATCCAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCATGAAGGCAATCGGTG...CAGGTCTGCCGGAAGAGCTCATCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGGGAAGGATATCAAGGGGGTGTCGGAAATCGTGCAGAATGGGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 AGGGGAAGGATATCAAGGGGGTGTCGGAAATCGTGCAGAATGGGAAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAAGTTCACCATCACCGCTGGGTCCAAAGTGATCCAAAACGAATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101744 TTCAAGTTCACCATCACCGCTGGGTCCAAAGTGATCCAAAACGAATTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGGGGAGGAATGTGAGCTGGAGACAATGACAGGGGAGAAAGTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101794 GGTGGGGGAGGAATGTGAGCTGGAGACAATGACAGGGGAGAAAGTCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         ACAGTGGTTCAGTTGGAAGGTGACAATAAACTGGTGACAACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 TA...CAGACAGTGGTTCAGTTGGAAGGTGACAATAAACTGGTGACAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCAAAAACATCAAGTCTGTGACCGAACTCAACGGCGACATAATCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103474 TTCAAAAACATCAAGTCTGTGACCGAACTCAACGGCGACATAATCACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 T         ACCATGACATTGGGTGACATTGTCTTCAAGAGAATCAGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103524 TGTA...CAGACCATGACATTGGGTGACATTGTCTTCAAGAGAATCAGCA

    400     .
    374 AGAGAATT
        ||||||||
 104954 AGAGAATT