seq1 = pF1KB6789.tfa, 375 bp
seq2 = pF1KB6789/gi568815586f_55616136.tfa (gi568815586f:55616136_55819606), 203471 bp

>pF1KB6789 375
>gi568815586f:55616136_55819606 (Chr12)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-134  (100798-100870)   100% ->
135-267  (102956-103088)   100% ->
268-375  (103364-103471)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCCGCCTCCTAAAAGAACACCAGGCCAAGCAGAATGAACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTCCCGCCTCCTAAAAGAACACCAGGCCAAGCAGAATGAACGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTGCAGG         AAAAGAGGAGGCGAGAGGCTATCACTGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCTGCAGGGTG...CAGAAAAGAGGAGGCGAGAGGCTATCACTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGACCTGCCTGACAGAAGCTTTGGTGGATCACCTCAATGTGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100828 CGACCTGCCTGACAGAAGCTTTGGTGGATCACCTCAATGTGGGGTA...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   TGTGGCCCAGGCCTACATGAACCAGAGAAAGCTGGACCATGAGGTGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102954 AGTGTGGCCCAGGCCTACATGAACCAGAGAAAGCTGGACCATGAGGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACCCTACAGGTCCAGGCTGCCCAATTTGCCAAGCAGACAGGCCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103004 GACCCTACAGGTCCAGGCTGCCCAATTTGCCAAGCAGACAGGCCAGTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTCAAG         GAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103054 TCGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTCAAGGTG...CAGGAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGGGATGTGGAGAACTGGGCTCGGAGCATCGAGCTGGACATGCGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103370 GGGGATGTGGAGAACTGGGCTCGGAGCATCGAGCTGGACATGCGCACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCCACTGCACTGGAATATGTCTACAAAGGGCAGCTGCAGTCTGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103420 TGCCACTGCACTGGAATATGTCTACAAAGGGCAGCTGCAGTCTGCCCCTT

    400 
    374 CC
        ||
 103470 CC