seq1 = pF1KB6788.tfa, 462 bp
seq2 = pF1KB6788/gi568815597r_161000686.tfa (gi568815597r:161000686_161218026), 217341 bp

>pF1KB6788 462
>gi568815597r:161000686_161218026 (Chr1)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-164  (115652-115740)   100% ->
165-288  (115856-115979)   100% ->
289-462  (117168-117341)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGAACAGCGGTCGCGCCGGCAAGAGCAGCGGGAGCGGCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGAACAGCGGTCGCGCCGGCAAGAGCAGCGGGAGCGGCGCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGGGGCGGTGTCCGCAGAGCAG         GTGATTGCTGGCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GAAGGGGGCGGTGTCCGCAGAGCAGGTG...TAGGTGATTGCTGGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCGCCTTCGGCAGGAACAGCGAGGCCTGGCATCCAAAGCAGCTGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115668 ACCGCCTTCGGCAGGAACAGCGAGGCCTGGCATCCAAAGCAGCTGAGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATGGAGTTGAATGAGCACAG         CCTAGTGATCGATACACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115718 GAGATGGAGTTGAATGAGCACAGGTG...CAGCCTAGTGATCGATACACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGGAGGTAGATGAAACTCGTAAGTGCTACCGCATGGTTGGAGGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115874 GAAGGAGGTAGATGAAACTCGTAAGTGCTACCGCATGGTTGGAGGAGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTGGAGCGAACTGTCAAAGAGGTGCTGCCCGCTTTGGAGAACAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115924 TGGTGGAGCGAACTGTCAAAGAGGTGCTGCCCGCTTTGGAGAACAACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCAG         ATACAGAAGATCATTGAGACACTGACACAGCAGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115974 GAGCAGGTG...TAGATACAGAAGATCATTGAGACACTGACACAGCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAGGCAAAGGGAAAAGAACTAAATGAATTCCGGGAAAAGCACAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117203 TCAGGCAAAGGGAAAAGAACTAAATGAATTCCGGGAAAAGCACAACATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCTCATGGGAGAAGATGAGAAGCCAGCAGCCAAGGAAAACTCAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117253 GTCTCATGGGAGAAGATGAGAAGCCAGCAGCCAAGGAAAACTCAGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .
    424 GCTGGGGCTAAGGCCAGCTCAGCTGGAGTGTTGGTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117303 GCTGGGGCTAAGGCCAGCTCAGCTGGAGTGTTGGTCTCC