seq1 = pF1KB6778.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KB6778/gi568815593f_131960707.tfa (gi568815593f:131960707_132162788), 202082 bp

>pF1KB6778 456
>gi568815593f:131960707_132162788 (Chr5)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-204  (100261-100302)   100% ->
205-294  (101606-101695)   100% ->
295-336  (101820-101861)   100% ->
337-456  (101963-102082)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCGCCTGCCCGTCCTGCTCCTGCTCCAACTCCTGGTCCGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCGCCTGCCCGTCCTGCTCCTGCTCCAACTCCTGGTCCGCCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCCAAGCTCCCATGACCCAGACAACGCCCTTGAAGACAAGCTGGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTCCAAGCTCCCATGACCCAGACAACGCCCTTGAAGACAAGCTGGGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTGCTCTAACATGATCGATGAAATTATAACACACTTAAAGCAGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGCTCTAACATGATCGATGAAATTATAACACACTTAAAGCAGCCACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGCCTTTGCTG         GACTTCAACAACCTCAATGGGGAAGACCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGCCTTTGCTGGTG...CAGGACTTCAACAACCTCAATGGGGAAGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACATTCTGATG         GAAAATAACCTTCGAAGGCCAAACCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100290 AGACATTCTGATGGTA...TAGGAAAATAACCTTCGAAGGCCAAACCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCATTCAACAGGGCTGTCAAGAGTTTACAGAACGCATCAGCAATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101634 AGGCATTCAACAGGGCTGTCAAGAGTTTACAGAACGCATCAGCAATTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCATTCTTAAA         AATCTCCTGCCATGTCTGCCCCTGGCCAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101684 AGCATTCTTAAAGTA...CAGAATCTCCTGCCATGTCTGCCCCTGGCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCGCACCCACG         CGACATCCAATCCATATCAAGGACGGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101849 GGCCGCACCCACGGTA...TAGCGACATCCAATCCATATCAAGGACGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACTGGAATGAATTCCGGAGGAAACTGACGTTCTATCTGAAAACCCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101991 ACTGGAATGAATTCCGGAGGAAACTGACGTTCTATCTGAAAACCCTTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGCGCAGGCTCAACAGACGACTTTGAGCCTCGCGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102041 AATGCGCAGGCTCAACAGACGACTTTGAGCCTCGCGATCTTT